(1)辦公室
協助醫院領導組織協調政府事務；負責醫院重要會議和活動的組織協調工作，負責與各級人大代表和監督員的聯絡工作；負責文秘、資料、檔案、圖書、辦公自動化管理、通訊管理、外事、接待、印章、收發；負責本院的行政管理，協調本院各部門的工作；負責本院直屬事業單位財務管理、國有資產管理，審計監督本院直屬事業單位財務管理、國有資產管理，指導基層人民法院財務、設備、訴訟費、法庭建設等工作；負責本院法官、法警服裝、武器裝備的管理和發放；負責醫院機關和全市法院系統的密碼管理和保密指導工作；負責醫院直屬事業單位的基本建設規劃和計劃、項目申請、組織、協調和實施；負責司法技術鑒定和指導；指導和監督機關服務中心的相關工作。
(2)立案庭
負責市中級人民法院各類案件的立案和審判流程管理，負責民事案件舉證和證據交換的規定時限；審查不服本院生效判決的各類上訴、再審申請，對基層人民法院駁回的上訴、再審申請，決定是否立案；對訴前和立案階段的財產和證據保全申請進行審查並作出裁定；執行財產保全和證據保全裁定；接收、傳遞各類訴訟材料，送達相關法律文書；審查管轄權異議、管轄權爭議、對不可受理決定的上訴和其他程序案件；核算訴訟費，辦理緩交、減交或免交訴訟費手續；負責處理人民群眾來信來訪和司法救助申請。
(3)刑事審判第壹法庭
依法審理第壹審、第二審普通刑事案件；審理市人民檢察院提出的普通刑事抗訴案件；辦理普通刑事案件內部審計，申請延長審理期限；答復基層人民法院審理普通刑事案件的請求，提供專業指導；審理相關涉外內部審計案件和涉外移交案件；聽取與本院業務有關的請示，交換相關案件的證據，在庭審中進行訴訟保全；對打擊刑事犯罪法律法規的修訂提出意見。
(4)刑事審判第二庭
依法審理壹審、二審經濟犯罪和未成年人犯罪案件；審理市人民檢察院提出的經濟犯罪和未成年人犯罪抗訴案件；辦理經濟犯罪和未成年人犯罪案件內部審計，申請延長審理期限；答復基層人民法院審理經濟犯罪和未成年人犯罪案件的請求，提供業務指導；審理相關涉外內部審計案件和涉外移交案件；聽取與本院業務有關的請示，交換相關案件的證據，在庭審中進行訴訟保全；對打擊刑事犯罪法律法規的修訂提出意見。
(5)民事審判第壹庭。
依法審理壹審、二審婚姻家庭、勞動爭議、不當得利、無因管理等傳統民事案件，不動產案件(包括房屋買賣、租賃預售、抵押、開發合同案件，土地使用權出讓和轉讓合同案件，建設工程合同案件等。)、不動產相鄰關系案件、相鄰土地使用權案件及其他不動產案件(包括因森林、水利、草原、灘塗、鐵路、機場、公路、橋梁、港口、堤壩等不動產引起的案件，涉及以不動產及其他不動產作抵押的合同，其性質由主合同的性質決定)、農村承包案件、國內自然人之間、自然人與法人及其他組織之間的合同及侵權案件；審理申請撤銷相關仲裁的案件和適用特別程序的案件；辦理有關復議案件；聽取與本院業務有關的請示，交換相關案件的證據，在庭審中進行訴訟保全；審批基層人民法院有關案件延長審理期限的申請；指導基層人民法院審判工作。
(6)民事審判第二庭。
依法審理境內法人之間、法人與其他組織之間的合同糾紛和侵權糾紛案件，境內證券、期貨、票據、股權、公司、破產(含破產申請審查)等案件；審理申請撤銷國內仲裁的案件；辦理有關復議案件；聽取與本院業務有關的請示，交換相關案件的證據，在庭審中進行訴訟保全；審批基層人民法院延長相關案件審理期限的申請。
(7)民事審判第三庭。
依法審理第壹審涉外、涉港澳臺和第二審涉港澳臺的民商事糾紛；審查申請撤銷、承認和執行國際仲裁裁決和外國法院判決的案件；審查涉外仲裁條款的效力案件；聽取與本院業務有關的請示，交換相關案件的證據，在庭審中進行訴訟保全；審批基層人民法院延長相關案件審理期限的申請。
(八)民事審判第四庭。
依法審理壹、二審著作權(含計算機軟件)、商標權、技術合同、不正當競爭、科技成果、植物新品種等知識產權案件；審理不服基層人民法院生效判決的知識產權申請再審案件；辦理知識產權申請復議案件；聽取與本院業務有關的請示，交換相關案件的證據，在庭審中進行訴訟保全；審批基層人民法院延長相關案件審理期限的申請。
(九)行政法庭(與賠償辦公室合署辦公)
依法審理壹審、二審行政案件和行政賠償案件；審理市人民檢察院提出的行政抗訴案件；審理基層人民法院生效判決的行政申訴案件；辦理延長行政案件審理期限的事項；審查行政機關申請強制執行其具體行政行為的案件；聽取與本院業務有關的請示，交換相關案件的證據，在庭審中進行訴訟保全；辦理依法應當由我院賠償委員會受理的國家賠償案件；處理薪酬委員會的日常事務，落實薪酬委員會決定的事項。
(10)審判監督法庭
審查處理刑事、民事、經濟、行政申訴和申請再審基層人民法院生效判決、本院生效判決的案件；審理市人民檢察院對已經發生法律效力的判決、裁定提出抗訴的案件；減刑、假釋案件的審理；審理省高級人民法院指令再審或本院決定再審的案件；答復基層人民法院請求的案件；指導基層人民法院審判監督工作；負責本院國家賠償的確認工作。
(xi)執行局
執行本院已經發生法律效力的壹審判決、裁定和調解協議中與財產有關的決定；執行本院執行的其他法律文書；審查所有復議申請；接受外省市人民法院委托本院執行的案件；協調本市法院與外省市人民法院之間的執行工作；指導基層人民法院的執行工作；審查減、緩、免申請執行費的意見。
(12)辦事員辦公室
負責法院書記員的統壹管理；負責法院書記員工作的統壹安排；負責生效裁判文書的送達、訴訟卷宗的歸檔和撤回等輔助工作；負責文員的培訓和考核。
(13)研究室
起草綜合文件和報告；編輯簡報、情況報告和其他信息；負責對本院重大工作安排的調查研究；掌握全市審判工作情況，研究分析審判工作中的新情況、新問題、新經驗，為院領導指導審判工作提供信息和意見；處理審判委員會的事務；研究審判工作中的方針、政策和法律問題，綜合審判法庭研究和修改法律法規的任務；答復基層人民法院有關政策和法律的請示，負責司法統計工作；完成省高級人民法院或市人大交辦的法規調研和修改工作；負責新聞、宣傳和報道；參與立法活動，研究和收集對法律、法規和規章草案的意見；向省高級人民法院請示法律適用問題；負責編輯《東莞法官》，編寫《我院學報》；負責全市法院系統互聯網資料的匯編工作。
(14)紀檢監察室(與中國* * *東莞市紀委駐東莞市中級人民法院紀檢組合署辦公)
負責本院的紀檢監察工作；監督檢查法院系統及其工作人員執行國家法律、法規、政策和工作紀律的情況；協助黨組制定全市法院系統廉政建設制度並監督實施；負責查處基層人民法院監察室主任、副主任以上幹部的違紀案件和其他重大違紀案件；受理對本院及其工作人員違法違紀行為的舉報和投訴；負責我院法官違法審判的調查工作；查處本院及其工作人員違反法律法規的行為；處理控告、舉報本院違紀民警的來信來訪，受理本院工作人員不服紀律處分的投訴；掌握全市法院系統紀檢監察工作，指導基層人民法院紀檢監察工作。
(十五)黨委辦公室。
負責機關黨建工作；指導工人、青年和婦女等群眾組織。
(十六)政治部
負責全市法院系統工作人員的思想政治、宣傳教育工作；協助全市法院系統黨的建設、領導班子建設和法官隊伍建設；承擔全市法院系統的編制和管理工作；負責本院幹警的考試、考察、調配、選拔、任免；負責本院幹警的培訓規劃；做好後備幹部工作；組織幹部到基層鍛煉；辦理幹部職工調離我院和退休手續，做好老幹部管理工作；管理本院幹部職工的工資調整、定級、計劃生育、福利基金使用和保障基金；管理我院的人事檔案；負責法官司法等級的核定；辦理各種獎懲。