《民法典》規定:“縣級以上地方人民政府應當向承包方頒發土地承包經營權證或者林權證等證書，並進行登記，確認土地承包經營權。”這是對土地承包經營權登記、土地承包經營權證等土地使用權證書發放的規定。
土地承包經營權登記是指縣級以上地方人民政府依法將土地的權屬、用途和面積登記在專門的簿冊上，同時向承包方頒發土地承包經營權證和林權證，確認土地承包經營權的法律制度。目前，土地登記按縣級行政區域(包括縣級市、旗、自治縣、市轄區)組織實施。縣級以上人民政府土地行政主管部門負責具體工作。
登記制度是物權制度的重要組成部分。登記的主要功能是公示物權的設立、變更和消滅。登記不僅可以表彰物權的產生或設立，還有助於解決物權沖突。關於物權登記的效力有兩種觀點:壹種是登記要件說，即登記是不動產物權法定轉移的重要要件，不登記就不發生效力。二是登記對抗論，即登記是物權變動後當事人應當履行的程序。未經登記，物權變動在法律上也可以有效成立，但只能在當事人之間發生效力，不能對抗第三人。
農村土地承包經營權是* * *嗎？
土地所有權和使用權的爭議，由當事人協商解決；協商不成的，由人民政府處理。單位之間的爭議，由縣級以上人民政府處理；個人之間或者個人與單位之間的爭議，由鄉級或者縣級以上人民政府處理。當事人對有關人民政府的決定不服的，可以自收到決定通知之日起30日內向人民法院提起訴訟。
土地承包經營權是有期限的物權。耕地承包期為30年。草原承包期為30至50年。林地承包期為30至70年；
土地承包權可以轉讓，《中華人民共和國民法典》規定，通過家庭承包取得的土地承包經營權，可以依法通過轉包、出租、互換、轉讓或者其他方式轉讓。
綜上，是邊肖關於土地承包經營權由什麽機關登記的相關回答，希望對妳有所幫助。
法律依據
農村土地承包法
第十二條國務院農業、農村、林業、草原主管部門按照國務院規定的職責，負責指導全國農村土地承包經營和承包經營合同管理工作。縣級以上地方人民政府農業、農村、林業、草原主管部門負責本行政區域內的農村土地承包經營和承包經營合同管理工作。