根據上述職責，州人力資源和社會保障局設16個內設機構：
（壹）辦公室
協助局領導對政務、業務等工作進行綜合協調和督促檢查；負責綜合性會議的組織、重要文件的起草和重大事項的督辦；負責機關文秘與公文處理、財務與資產管理、工作信息綜合、政務和信息公開、機要、保密、檔案、綜合治理、計劃生育、安全保衛、政務值班及接待等工作；管理機關公***事務；負責人力資源和社會保障信訪工作，督辦重要來信、來訪案件，協調處理有關信訪事項；負責協調維穩、應急工作；承擔人力資源和社會保障宣傳工作；負責局機關的機構編制、人事管理、工資福利等工作；負責局機關離退休人員服務與管理工作，指導局屬事業單位做好離退休人員工作；組織實施全州人力資源和社會保障系統文明創建、爭先創優工作；負責州直人力資源和社會保障系統監察工作。
（二）政策法規科
根據國家、省人力資源和社會保障政策法規，擬訂全州貫徹落實的實施細則、具體措施和辦法；組織開展人力資源和社會保障工作調查研究；協調專家咨詢工作；承辦人力資源和社會保障普法、依法治理、依法行政制度建設、行政復議和行政應訴等相關工作，監督檢查依法行政情況；負責人大建議、政協提案的辦理與協調；承擔機關規範性文件合法性審核及縣市人力資源和社會保障部門規範性文件備案審查工作；綜合協調人力資源和社會保障行政許可（審批）工作；指導縣市人力資源和社會保障部門依法行政工作。
（三）規劃財務與基金監督科
擬訂全州人力資源和社會保障事業發展規劃和年度計劃；負責全州社會保險基金、就業等專項資金預決算的審核匯總；負責中央和省轉移支付社會保險、就業等專項資金分配方案的匯審，做好州本級就業專項資金使用計劃審核工作；負責審核州本級社會保險基金計劃申報和資金支付工作；參與擬訂全州社會保險基金、就業資金財務管理制度；負責局機關和局屬事業單位財務、資產管理的內審工作；擬訂全州社會保險基金、企業年金監督制度、運營政策和運營機構資格標準；負責全州企業年金審核備案工作；依法監督全州社會保險基金和補充保險基金、企業年金征繳、支付、管理和運營，依法監督全州就業資金的管理和使用；監督並組織全州社會保險基金和社會保險經辦機構內部管理規則的實施；建立社會保險基金監督舉報系統，受理投訴、舉報並組織查處重大案件；歸口管理社會保障信息統計工作。
（四）就業促進與失業保險科（州人民政府勞動就業工作領導小組辦公室）
貫徹落實促進城鄉勞動者就業政策，擬訂全州促進就業規劃、年度計劃，並組織實施；擬訂全州公***就業服務管理體系發展規劃並指導實施；貫徹落實就業援助和特殊群體就業政策；負責全州促進就業扶持政策的審核落實；貫徹落實國（境）外人員就業管理政策；擬訂全州就業專項資金分配方案、管理辦法並監督實施；貫徹落實失業保險政策，監督失業保險基金的使用，建立健全失業預警制度並指導實施；貫徹落實國家和省促進高校畢業生就業政策，牽頭制訂我州促進高校畢業生就業措施與辦法；貫徹落實農民工工作綜合性政策和規劃，協調處理涉及農民工的重大事件，維護農民工合法權益；協調農民工進城落戶的相關工作；指導、協調農民工工作信息建設；承擔州人民政府勞動就業工作領導小組辦公室、州農民工工作聯席會議辦公室日常工作。
（五）人力資源市場管理與人才流動調配科
負責擬訂全州人力資源開發與發展規劃和人力資源市場發展規劃；貫徹落實人力資源開發政策、人力資源服務機構市場準入管理制度；承辦人才中介服務機構、職業中介機構行政許可；貫徹落實人員調配政策，做好特殊人才、緊缺人才引進工作；負責承辦州直行政機關、企事業單位人員調配工作；負責組織實施事業單位工作人員招聘工作；結合引進人才做好促進高校畢業生就業工作，負責協調部分高校畢業生面向基層服務項目和計劃的實施；負責因公出國（境）人員政審工作；歸口管理人力資源信息統計工作；負責州本級政府序列和事業單位幹部人事檔案的管理工作；綜合承辦州委、州政府、州人才工作領導小組交辦的人才工作事項。
（六）職位職責管理與考試錄用科
貫徹執行公務員法及公務員錄用、登記、職位分類、職務任免與升降、交流與回避、辭職辭退、調任轉任、職位聘任等制度；組織實施公務員和事業單位參照公務員法管理工作人員日常登記；指導全州公務員法的貫徹實施，依法對公務員法及配套法規實施情況進行監督檢查，依法對公務員實施監督，保障公務員合法權益；建立行政機關公務員“確責、履責、問責”責任體系；負責行政機關、政府序列參照管理單位內設機構非領導職務職數的設置和管理工作；依法辦理州政府提請州人大常委會審議的任免議案和州政府批準任免的行政機關工作人員任免手續；會同有關部門擬訂全州公務員和參照公務員法管理事業單位工作人員考試錄用計劃，並組織實施；負責公務員信息統計管理工作。
（七）教育培訓與考核獎懲科
貫徹執行國家和省公務員培訓及在職教育的政策、規劃和標準，擬訂全州公務員教育培訓中長期規劃和年度計劃，並組織實施；負責擬訂公務員通用能力席位標準，貫徹落實公務員能力建設的相關政策，指導協調全州公務員能力建設與培訓工作；組織協調公務員對口培訓；負責公務員培訓機構的評估認定；指導協調州行政學院的公務員培訓工作；負責組織實施公務員行為規範、職業道德建設；貫徹執行公務員考核制度與政策，綜合管理公務員年度考核工作；負責承辦公務員申訴、控告事項；貫徹執行國家、省榮譽制度、獎勵制度，綜合管理政府表彰獎勵工作，指導協調州直部門綜合性表彰獎勵活動；承辦公務員榮譽稱號的授予、表彰事宜；貫徹執行公務員懲戒制度，會同有關部門做好公務員懲戒工作。
（八）職業能力建設科
貫徹實施城鄉勞動者職業培訓和職業能力開發政策、高技能人才、農村實用人才培養和激勵政策；擬訂全州技工學（院）校及職業培訓機構發展規劃和管理規則並組織實施；承擔職業資格證書認定工作，指導全州職業技能鑒定工作；擬訂貫徹國家職業分類、職業技能國家標準和行業標準的實施辦法並監督實施；組織實施勞動預備制度；承辦民辦職業培訓機構行政許可；負責指導技工學校教學研究；負責機關、事業單位工勤人員技術等級崗位考核（鑒定）評審工作；承擔州高技能人才工作聯席會議辦公室日常工作。
（九）專業技術人員管理科
貫徹落實專業技術人員管理政策，協調專業技術人員管理
工作；負責專業技術人員繼續教育工作；負責有突出貢獻專家、享受政府津貼人員選拔、推薦和管理工作；負責指導二次人才開發，充分發揮離退休專業技術人員作用；組織實施職稱制度改革和專業技術職務評審工作；承擔專業技術人員職（執）業資格認定工作，指導實施各類專業技術資格、職（執）業資格考試工作；承擔全州專業技術職務結構比例管理工作；承擔州職稱改革工作領導小組辦公室日常工作。
（十）事業單位人事管理科
承擔全州事業單位人事制度改革和人事管理工作；負責全州事業單位人員和機關工勤人員人事管理；按照管理權限，承辦事業單位崗位聘用和崗位設置方案核準或備案事宜；為事業單位用人提供聘用合同鑒證服務；指導全州事業單位人員和機關工勤人員年度考核工作，綜合管理州直事業單位人員和州直機關工勤人員年度考核；綜合管理事業單位人員聘用、聘任、解聘、辭職、辭退、申訴、控告、獎懲等事宜；會同有關部門組織實施事業單位綜合配套改革。
（十壹）勞動關系科
貫徹落實勞動關系政策以及勞動合同、集體合同制度實施規範；負責州直企業裁員報告和企業改組改制的職工安置方案審核；承辦文藝體育單位特招和用人單位特殊工時制度行政許可以及集體合同審查登記工作；負責政策性安置進入企業人員工作；貫徹落實企業職工工資收入分配的宏觀調控政策，按分工審核州直企業工資總額管理和負責人工資收入；負責勞動標準和勞動定額管理工作；貫徹實施消除非法使用童工政策和女工、未成年工的特殊勞動保護政策；承擔州勞動關系三方協商會議辦公室日常工作。
（十二）工資福利科
貫徹落實國家、省機關事業單位工資政策、標準和調控措施；負責全州機關事業單位人員工資、獎金、津貼補貼管理工作，建立和完善各類津補貼制度；貫徹落實國家、省離退休政策和福利政策；負責全州機關事業單位人員工資總額管理，承擔州改革公務員工資制度和規範公務員收入分配秩序領導小組辦公室日常工作；承擔機關事業單位工資信息統計工作。
（十三）養老保險與農村社會保險科
貫徹落實機關、企事業單位基本養老保險、補充養老保險、城鎮居民養老保險、農村社會保險和被征地農民社會保障的政策、規劃、辦法和標準；貫徹落實基本養老保險待遇項目和給付標準及基金預測預警制度；擬訂養老保險上級轉移支付資金分配方案；貫徹落實企業職工退休政策和基本養老金領取政策，辦理州直統籌單位職工退休條件審批；受上級部門委托負責全州提前退休工種的審批工作；貫徹執行企業死亡職工遺屬待遇和非因工傷殘職工待遇政策和給付標準，辦理州直統籌單位相關人員遺屬待遇和傷殘待遇的審批手續；參與擬訂全州養老保險、農村社會保險基金管理辦法；組織實施村主職幹部養老保險工作；審核土地征用中被征地農民社會保障措施；負責養老保險和農村社會保險信息統計工作。
（十四）醫療生育工傷保險科（州城鎮職工基本醫療保險制度改革辦公室）
統籌規劃全州城鄉壹體醫療保障體系建設工作；貫徹落實醫療保險、生育保險、工傷保險政策、規劃、辦法和標準；貫徹落實醫療保險、生育保險、工傷保險基金管理辦法及工傷保險待遇項目和給付標準；負責州直統籌單位的工傷認定；貫徹執行疾病、生育停工期間的津貼標準；貫徹執行定點醫療機構、藥店、康復機構、殘疾輔助器具安裝機構的資格標準，組織州直定點醫療機構、藥店的資格審查與年審；貫徹執行機關、事業單位補充醫療保險政策和管理辦法；組織全州勞動能力鑒定；承擔州基本醫療保險制度改革領導小組辦公室、州城鎮居民基本醫療保險局際聯席會議辦公室、州勞動能力鑒定委員會辦公室日常工作。
（十五）調解仲裁管理科
貫徹落實勞動、人事爭議調解仲裁工作制度，指導全州勞動、人事爭議調解仲裁工作；指導用人單位依法規範人力資源管理制度，建立勞動、人事爭議預防機制；指導勞動、人事爭議仲裁工作；推進仲裁工作和隊伍規範化建設，負責調解員、仲裁員培訓管理工作；承擔州勞動、人事爭議仲裁委員會辦公室日常工作。
（十六）勞動保障監察科（對外使用“恩施土家族苗族自治州勞動保障監察局”名稱）
貫徹落實勞動保障監察工作制度；組織實施全州勞動保障監督檢查工作；依法實施州直單位勞動保障監察工作，查處和督辦重大勞動保障違法案件；指導全州各級勞動保障監察機構開展勞動保障監察工作；協調勞動者維權工作，組織協調全州重大勞動保障違法事件和突發事件的處理工作；推進勞動保障監察工作和隊伍規範化建設；承擔州解決企業工資拖欠問題部門聯席會議辦公室日常工作。
機關黨組織、紀檢監察機構、工會按有關規定設置。