將蒙醫藥發展納入國民經濟和社會發展規劃並組織實施。第四條自治縣衛生行政部門和藥品監督部門負責本行政區域內的蒙藥管理工作。民族、財政、經貿、工商、稅務、技術監督、勞動和社會保障、人事、物價等有關部門應當根據各自職責，做好蒙醫藥管理工作。
衛生行政和藥品監督部門的領導成員應配備具有蒙醫藥專業知識的人員。
衛生行政和藥品監督部門應設立蒙藥管理監督科(室)負責蒙藥管理和監督工作。第五條自治縣行政區域內根據醫療機構規劃設置的蒙古族醫療機構不得隨意撤銷。
鼓勵蒙醫機構在國內外設立蒙醫機構和蒙藥分銷網絡。第六條自治縣人民政府扶持農村蒙醫藥的發展，將其納入農村衛生規劃。
鄉(鎮)衛生院加強和完善蒙醫科(室)建設。
鼓勵蒙古族醫務人員到鄉(鎮)、村從事醫療工作。第七條自治縣勞動和社會保障部門應當將符合條件的蒙醫醫療機構和藥店列為醫療保險定點醫療單位和藥店。第八條自治縣人民政府應當將蒙醫經費納入財政預算，並根據財政收入的增長逐年增加。
自治縣人民政府設立蒙醫藥專項資金，支持蒙醫藥醫療、教學、科研、開發等重點項目的發展。
鼓勵國內外社會團體、企業、事業單位、組織和個人以多種形式支持蒙醫藥的發展。
蒙醫藥基金和蒙醫藥專項資金應專款專用，不得克扣、截留或挪用。第九條具有執業醫師資格(含執業助理醫師)的蒙古族醫務人員，經自治縣衛生行政部門依法審核批準後，可以從事個體行醫。第十條蒙醫藥專業技術人員在醫療、科研、生產過程中，完成的職務發明創造成果，申請專利的權利屬於所在單位；申請被批準後，該單位為專利權人。第十壹條自治縣人民政府加強對蒙醫藥專業技術職務的管理。蒙醫基礎理論和專業知識應作為蒙醫專業技術職務晉升考試和考核的內容，試卷可以用蒙文。
自治縣人民政府自主組織農村蒙醫資格考試和考核，衛生行政部門頒發證書。第十二條自治縣人民政府設立蒙醫藥專家委員會，成員由副高級以上職稱的人員和行政管理部門的負責人組成；其成員由自治縣衛生行政部門推薦，經自治縣人民政府批準。蒙醫專家委員會配合有關部門做好以下工作:
(壹)設立蒙醫科研項目並對成果進行評價和鑒定；
(二)蒙醫藥專業技術職稱和資格的考試和評定；
(三)蒙醫藥生產企業、蒙醫藥等級醫院和科研機構的評審和評估的推薦意見；
(四)衛生系統蒙醫藥教材的編寫、考試試題和閱卷工作；
(五)審查創制新蒙藥；
(六)蒙醫醫療事故的技術鑒定。第十三條自治縣人民政府支持蒙醫藥高等教育。
衛生行政部門有計劃地選派蒙古族醫務人員到專業院校深造。第十四條自治縣人民政府應當鼓勵蒙醫專家總結其學術理論和臨床經驗，傳承其技藝。
支持蒙醫藥基礎理論、臨床、藥學研究和新技術的開發應用，加快蒙醫藥科研成果的推廣和轉化，促進科研成果產業化。第十五條自治縣蒙醫機構要加強對蒙醫病歷、學術論文、科研示範檔案的管理，開展古籍、秘方、驗方的收集、整理和研究。
在區域和國際層面加強廣泛的學術交流與合作。第十六條。經國家食品藥品監督管理部門批準，自治縣內的蒙醫醫療機構和蒙藥生產企業可以利用已經臨床應用且療效和安全性顯著的蒙藥秘方、驗方，開發新品種，打造龍頭品牌。保護公民、法人和其他組織在蒙藥新藥研發中的合法權益。第十七條自治縣人民政府扶持蒙藥生產企業，對蒙藥產品征收的增值稅、所得稅等稅收返還部分用於發展蒙藥事業。第十八條藥品監督部門應當根據蒙藥的特點進行監督管理。第十九條經遼寧省食品藥品監督管理部門批準，允許取得《醫療機構制劑許可證》的蒙藥制劑室配制的蒙藥在本行政區域內有蒙藥的醫療機構之間調劑。