硒資源是富硒農業發展的核心因素。富硒農業的發展高度依賴硒。無論在國外還是在國內，富硒農業都是先在土壤富硒地區發展，然後慢慢向缺硒地區延伸。雖然我國大部分地區缺硒，但也有部分地區硒含量較高。有效開發高硒地區的硒資源，並將其應用於全國，對於平衡部分富硒地區居民硒攝入量過多和缺硒地區居民硒攝入量不足的問題非常重要。
富硒農業的發展對生物技術有很強的依賴性。富硒農業實際上是通過壹定的生物轉化，將環境中的硒轉化為對人體有益的有機硒形態。富硒區和缺硒區對富硒技術的要求有所不同。富硒區主要控制富硒農產品硒含量和重金屬含量的穩定性；缺硒地區也需要控制農產品中硒含量的穩定性，但更重要的是開發硒營養強化劑，包括植物所需的富硒肥料和動物所需的富硒飼料。不同形態的硒對作物或動物的影響不同，每種作物或動物對硒的吸收和轉化效率存在很大差異。因此，在壹種硒營養強化劑投入市場之前，需要進行大量的科學實驗。
富硒農業屬於功能農業，與人體健康密切相關。隨著我國壹些慢性病發病率的增加和人口的老齡化，人們不再滿足於溫飽這壹基本問題，越來越關註健康營養的農產品的開發。
並且隨著富硒農產品總量的增加、品種的豐富和消費的升級，富硒糧食、富硒蔬菜、富硒水果和富硒畜禽產品逐漸向加工方向發展。富硒農產品加工技術要求高，主要包括富硒農作物和動物原料的標準控制、加工工藝、添加劑和助劑、成品的貯藏和質量控制。