根據上述職責，甘肅省人民政府國有資產監督管理委員會設15個內設機構：
（壹）辦公室（黨委辦公室）。
負責機關文電、會議、機要、檔案工作；承擔信息、保密、政務公開、接待和建議、提案辦理工作；承擔黨委會和主任辦公會議決定事項的督辦工作；負責機關財務管理工作；負責機關和直屬單位機構編制、人事管理、離退休幹部工作；承擔機關和直屬單位的外事工作。
（二）政策法規處（研究室）。
承擔國有資產管理體制改革和國有企業改革發展等重大問題的調查研究工作；承擔重要文件和報告的起草工作；擬訂國有資產管理和監督的地方性法規草案；承擔機關有關規範性文件的合法性審核工作；研究國有企業改革發展中的有關法律問題；承擔機關法律事務；指導協調所監管企業法律事務。
（三）規劃發展處。
擬訂國有經濟布局和結構戰略性調整的政策建議；指導所監管企業布局和結構調整；審核所監管企業的發展戰略和規劃；承擔對所監管企業重大投資決策履行出資人職責的工作；開展對外經濟交流合作；配合有關部門做好所監管企業節能減排、環境保護工作。
（四）財務監督處。
負責所監管企業財務預決算的有關工作；建立健全所監管企業績效評價指標體系；擬訂所監管企業重大資產損失責任追究的意見和措施；承擔所監管企業清產核資工作，提出所監管企業資產損失核銷意見；組織開展所監管企業負責人離任和任期經濟責任審計工作；承擔國有資產統計分析工作。
（五）產權管理處。
擬訂完善國有產權管理的意見，擬訂國有資產產權界定、登記、劃轉、處置及產權糾紛調處等方面的規章制度和管理辦法；承擔所監管企業國有資產產權界定、登記、劃轉、處置及產權糾紛調處等工作；承擔所監管企業資產評估項目的核準和備案工作；審核所監管企業資本金變動、股權轉讓及發債方案；監督國有股權抵押、托管、授權經營等行為；擬訂國有資產經營公司組建方案，指導其規範運作；承擔企業國有產權交易審核工作，選擇從事企業國有產權交易活動的產權交易機構，監督、規範企業國有產權交易行為。
（六）企業改革處。
擬訂國有企業改革的政策建議；指導國有企業的現代企業制度建設；承擔所監管企業之間的重組整合工作；指導所監管企業管理體制、股份制改造、內部管理等改革工作；指導所監管企業主輔分離、輔業改制和富余人員分流工作，配合有關部門做好下崗職工的安置工作；指導所監管企業廠辦大集體的改革工作；承擔所出資企業公司章程的審核工作。
（七）企業改組處（省企業兼並破產和職工再就業工作辦公室）。
承擔所監管企業上市、引進戰略投資者等重組工作；承擔省屬企業政策性破產工作；承擔甘肅省企業兼並破產和職工再就業工作辦公室日常工作；指導所監管企業的依法破產。
（八）考核分配處。
承擔所監管企業經濟運行分析工作；完善所監管企業負責人經營業績考核制度，對所監管企業負責人進行年度和任期經營業績考核；提出國有企業收入分配制度改革的指導意見；根據國家有關規定，承擔所監管企業工資分配總體水平調控和職工福利保障工作，提出所監管企業負責人薪酬制度和激勵辦法並組織實施；按照有關規定，規範所監管企業負責人職務消費；配合有關部門做好所監管企業安全生產工作。
（九）收益管理處。
組織所監管企業上交國有資本收益；參與制定國有資本經營預算有關制度；承擔國有資本經營預決算編制和執行有關工作。
（十）監事會工作處（省國有企業監事會工作辦公室）。
負責國有企業監事會的日常管理工作；指導所監管企業內設監事會建設；制定監事會工作的相關制度；負責對代表國有出資人履行職責的監事會及監事進行考核評價。
（十壹）企業領導人員管理處。
依據管理權限，負責所監管企業領導班子建設；根據有關規定，承擔對所監管企業領導人員的考察工作並提出任免建議；考察推薦董事、監事及獨立董事人選；指導所監管企業董事會建設工作；探索符合社會主義市場經濟體制和現代企業制度要求的企業領導人員考核、評價和選任方式；負責所監管企業領導班子及領導人員的年度考核和任期考核工作；指導所監管企業人才戰略研究和組織實施工作；負責所監管企業領導班子後備隊伍建設；負責所監管企業領導人員的教育培訓和監督工作；負責所監管企業領導人員檔案和出國政審管理工作；配合有關部門做好所監管企業老幹部工作。
(十二)黨建工作處(黨委組織部)。
根據有關規定，負責所監管企業和有關企業黨的建設的綜合協調、指導、歸口管理；負責所監管企業黨的組織建設和黨員發展、教育、管理工作。
(十三)宣傳工作處(黨委宣傳部)。
根據有關規定，負責所監管企業黨的思想建設、精神文明建設和宣傳工作；指導和推進所監管企業思想政治工作和企業文化建設工作；負責對外宣傳和新聞工作。
(十四)群眾工作處(黨委統戰部)。
根據有關規定，協調所監管企業的工會、青年、婦女工作；指導所監管企業的統戰工作和知識分子工作。
（十五）信訪與維護企業穩定工作處。
指導所監管企業信訪、應急管理和維護穩定工作；指導、協調、督促所監管企業處置群體性上訪事件；承擔所監管企業職工群眾來信來訪工作;承擔有關國家機關交辦的信訪事項。
機關黨委 負責委機關和直屬單位的黨群工作。
省政府國資委紀委（省監察廳駐省政府國資委監察專員辦公室）按照有關規定，負責所監管企業的紀律檢查工作。內設案件檢查室、案件審理室。