1，技術水平低，素材描述專業性差。
高新技術企業的認定可以說是對“R&D”和“產品(服務)”相關證明材料的認定和審查。所以很多企業失敗的原因大多是R&D項目和產品(服務)證明材料的技術含量描述較少，表達水平較低，體現的專業素質不高，技術表達與知識產權的相關性較差。實際材料審核過程中往往很難把握項目和產品(服務)的技術要點，因此很難涉及到八大高科技領域。
2.知識產權突出。
近年來，隨著高新技術企業的普及和政策支持力度的加大，高新技術企業的申請數量也呈現出逐年增加的趨勢，但知識產權問題卻異常突出和重要。
3.數據報告不壹致。
隨著信息技術的發展，多個部門之間的數據已經相互關聯，信息更加立體和可比。數據信息化也要求企業對數據實現統籌規劃和規範管理。企業要申報高新技術企業認證，就要對高新技術認證必要性的指標進行提前規劃。同時要準備的材料也很專業很齊全。
4.準備工作不足。
高新技術企業的認定涉及到財政、科技、人力資源等多個部門。很多企業對高新認定新標準理解不統壹，導致部門之間配合不協調，材料準備不壹致，延誤了申報進程，甚至無法完成年度申報。