1、稅務機關可以根據舉報人提供的線索，調查公司的偷稅漏稅情況；
2、通過稽查公司上下遊的企業，連帶查出公司的偷稅漏稅事實；
3、通過分析公司的涉稅指標，如異常指標值、長期零申報或報虧損等，查出公司的偷稅漏稅行為。
公司偷稅漏稅的後果：
1、罰款：根據偷稅漏稅的金額和情節，公司可能會被處以壹定數額的罰款；
2、追繳稅款：稅務機關會要求公司補繳所有未繳的稅款，可能還會加收滯納金；
3、刑事責任：在嚴重的情況下，公司的法定代表人或相關責任人可能會因偷稅漏稅而承擔刑事責任；
4、信用影響：公司的稅務信用等級會受到影響，可能會影響公司未來的貸款、招投標等業務；
5、營業執照影響：在極端情況下，公司可能會因為偷稅漏稅而被吊銷營業執照。
綜上所述，公司偷稅漏稅的查出方式包括稅務機關根據舉報人提供的線索進行調查、通過稽查公司上下遊企業連帶查出、以及通過分析公司的涉稅指標查出。
法律依據：
《稅務稽查工作規程》
第十九條
選案部門對案源信息采取計算機分析、人工分析、人機結合分析等方法進行篩選，發現有稅收違法嫌疑的，應當確定為待查對象。待查對象確定後，選案部門填制《稅務稽查立案審批表》，附有關資料，經稽查局局長批準後立案檢查。稅務局相關部門移交的稅收違法信息，稽查局經篩選未立案檢查的，應當及時告知移交信息的部門；移交信息的部門仍然認為需要立案檢查的，經所屬稅務局領導批準後，由稽查局立案檢查。對上級稅務機關指定和稅收專項檢查安排的檢查對象，應當立案檢查。