1.遵循公平原則，兼顧雙方利益。
明確保密範圍。不同的企業，同壹企業，不同時期的商業秘密是不同的。在約定保密內容時，要明確需要保密的對象、範圍、內容和期限。此外，當商業秘密具有企業無形資產和員工個人勞動成果的雙重性質時，如廣告公司策劃人員的創造性工作、IT公司技術人員完成的編程和數據庫等，就要特別註意明確其性質屬於個人著作權還是公司商業秘密。當事人是否應當承擔保密義務。
3.明確保密主體和保密義務期限。除保密崗位和技術崗位外，普通員工(包括不承擔保密義務的員工)在工作中有意或無意知悉公司商業秘密時，也應納入保密主體範圍，承擔保密責任；掌握商業秘密的員工家屬、朋友也應履行同樣的保守商業秘密的義務。
4.采取競業限制、保密保護等特殊操作時應當規範。壹般來說，競業限制是要求員工不得在同類企業兼職，離職後未經同意不得受聘於原企業競爭對手，不得組建同類企業參與競爭，不得指使原單位其他員工接受外部聘用，不得為本企業競爭對手提供咨詢、建議服務。
5、明確違約的情況和法律責任。
保密協議應具備以下必備條款:
勞動者和用人單位應當約定商業秘密的歸屬和保護內容。關於保密的內容和範圍，我國法律並沒有具體規定什麽內容和形式才算商業秘密，壹般包括技術信息和商業信息，細分為很多名稱。企業可以利用秘密清單明確員工保密的範圍和具體內容，避免在是否屬於商業秘密、是否應當保密等問題上產生分歧。
應當約定保密的有效期限。因為保密期限往往會超過勞動關系的期限，並在員工離職後持續壹段時間，尤其是在勞動合同終止後。
應商定保密措施。比如，用人單位有權在勞動關系終止前六個月單方決定調動勞動者的工作崗位。
應約定保守商業秘密的價格(即保密處理和經濟補償)。
應約定保密的義務和責任，以及違反保密的責任和賠償條款。
簽署保密協議的註意事項。保密費和經濟補償金應單獨收取，不可替代。
同意競業禁止條款。為了有效保護商業秘密，壹般應在保密協議中設計競業禁止條款，規定核心員工的流動。比如，禁止核心員工在同行業競爭性企業擔任相關職務最長不超過三年。
保密協議應由不同的人和崗位簽署。與競業禁止企業必須支付員工賠償金的規定不同，要求員工保密的企業可以給予員工壹定的經濟補償，也可以不給予。無論企業是否給予經濟補償，只要簽訂了保密協議，員工就必須履行保密義務。
法律依據:《勞動法》第二十三條用人單位與勞動者可以在勞動合同中約定保守用人單位的商業秘密和與知識產權有關的保密事項。對於負有保密義務的勞動者，用人單位可以與勞動者在勞動合同或者保密協議中約定競業限制條款，約定勞動合同解除或者終止後，在競業限制期內按月向勞動者支付經濟補償金。勞動者違反競業限制約定的，應當按照約定向用人單位支付違約金。
《勞動法》第二十四條，競業限制的人員限於用人單位的高級管理人員、高級技術人員和其他負有保密義務的人員。競業限制的範圍、區域和期限由用人單位與勞動者約定，競業限制的約定不得違反法律法規的規定。勞動合同解除或者終止後，前款規定的人員到與本單位有競爭關系的其他用人單位生產、經營同類產品或者從事同類業務，或者自主創業生產、經營同類產品或者從事同類業務的，競業限制期不得超過兩年。