法律分析：1、登錄金稅三期個人所得稅扣繳系統，登進去時會有導向操作：
1）錄入單位信息（把納稅人識別號輸入進去）
2）獲取辦稅信息（會出現企業信息）
3）備案辦稅人員信息（辦稅人員姓名身份證號等等
4）設置登錄密碼（設置為常用的密碼）
5）設置數據自動備份
2、點進去之後會看到有人員信息采集，專項附加扣除信息采集還有綜合所得申報等等。接下來把企業的人員信息采集進去，稅款所屬月份選擇備案的當月。
3、公司新進的員工首次進行代扣代繳，需要添加人員信息采集。如果企業人員較多，財務人員單獨登記不過來，可以選擇把表格模板導出來，由員工填寫好後再導入系統，涉及的信息有證件類型、證件號碼、姓名、性別、出生日期、國籍、任職時間、手機號碼等必填項。導入之後點擊報送，最後獲取反饋，人員狀態顯示正常，報送狀態顯示報送成功，身份驗證狀態顯示驗證通過人員信息采集完畢。
4、如果員工從企業離職，人員信息狀態要從開始的正常狀態調整為非正常狀態，調整之後不必再為此員工代扣代繳個稅。
5、專項附加扣除會涉及子女教育支出、繼續教育支出、住房貸款利息支出、住房租金支出、贍養老人支出信息登記。如果企業人員較多，比如大型建築企業，員工幾百上千，無法獲取專項附加扣除信息，員工可以下載自然人稅收管理系統手機APP客戶端，讓員工自行在APP填列，聯網狀態下企業端可以同步信息。比如子女教育的信息，子女的姓名身份證號年齡受教育時間都需要備案在系統裏，不需要單獨到稅務局備案，
6、綜合所得申報，包括員工的正常工資薪金所得、全年壹次性獎金收入、年金領取、解除勞務合同壹次性補償金、稿酬所得、特許權所得等都在綜合所得預扣預繳表裏，企業代扣代繳主要是正常工資薪金所得項，點擊進行填列，需要進行明細申報，因為每個員工的工資、個稅、專項附加扣除都不壹樣。本期收入需要手動填列。
7、員工的本期應納稅額會根據收入減去減除費用專項扣除項後來計算，按月進行累計，比如某員工沒有專項扣除和專項附加扣除，1月應納稅所得是4000，2月應納稅所得是6000,2月雖然超過了減除費用5000，但是1-2月累計應納稅所得額減減除費用剛好為0，2月也不用交稅。
法律依據：《中華人民***和國稅收征收管理法》 第五條 國務院稅務主管部門主管全國稅收征收管理工作。各地國家稅務局和地方稅務局應當按照國務院規定的稅收征收管理範圍分別進行征收管理。
地方各級人民政府應當依法加強對本行政區域內稅收征收管理工作的領導或者協調，支持稅務機關依法執行職務，依照法定稅率計算稅額，依法征收稅款。
各有關部門和單位應當支持、協助稅務機關依法執行職務。
稅務機關依法執行職務，任何單位和個人不得阻撓。