負責文電、會議、機要、檔案等機關日常工作；負責本系統的設備；負責本系統信息化建設的規劃、指導和管理；辦理全國人民代表大會和CPPCC的議案和建議；承擔綜合調研、綜合材料、新聞報道、保密、政府信息、政務督查、政務公開、統計、信訪維穩、應急管理、行政管理、資產管理等工作。
(2)法律部。
起草有關地方性法規、規章和規範性文件；組織工商行政執法監督聽證，負責指導和規範本系統行政執法工作，承擔案件審查、行政復議、行政訴訟和行政賠償工作；組織法制宣傳教育；組織實施行政執法責任制。
(3)財務部。
研究制定本系統財務管理的規章制度並組織實施；統籌安排本系統預算資金的使用，負責編制本系統部門預算、決算和財政支出的績效評價方案；依法收繳和上繳工商行政管理收費和罰沒收入；負責市局的財務管理。
(4)企業註冊處。
在規定的範圍內承辦企業登記；組織指導全市內資企業、農民專業合作社和個體工商戶的登記工作，監督檢查其登記許可行為和相關登記工作；承擔本系統內資企業、農民專業合作社、個體工商戶登記信息的分析和公開工作。
(5)外商投資企業登記管理辦公室。
根據國家工商行政管理局的授權，負責外商投資企業、外商投資企業分支機構以及從事承包工程、承包或委托管理等生產經營活動的外國(地區)企業和外商投資企業常駐代表機構的登記註冊和監督管理；指導全市外商投資企業的登記、監督和管理工作；承擔本系統外商投資企業、外商投資企業分支機構和外國(地區)企業常駐代表機構登記信息的分析研究。
(六)企業監督管理辦公室(與個體私營經濟管理辦公室合署辦公)。
負責組織內資企業和個體工商戶的監督管理和年檢工作；負責對市局登記的內資企業和其他從事生產經營的經濟組織進行監督管理和年檢；負責組織查處違反企業和個體工商戶登記法律法規的行為；負責企業和個體工商戶的信用分類管理；負責組織查處無照經營行為；調查研究個體私營經濟的發展和管理，指導個體勞動者協會和私營企業協會的工作。
(7)市場調節管理處。
承擔規範和維護商品交易市場經營秩序的工作；組織實施商品交易市場的登記和準入管理；組織和指導商品交易市場的信用分類管理；組織市場的專項管理；承擔汽車、糧食、農資等重要商品市場的規範化管理；組織和指導網絡商品交易及相關服務行為的監督管理；組織和指導展銷會的登記、監督和管理；承擔經紀人的管理工作。
(八)食品流通監督管理辦公室。
組織實施流通領域食品安全監督檢查、質量監測和相關市場準入制度；承擔流通領域食品安全突發事件的處理，組織和指導食品安全案件的調查處理。
(9)合同管理辦公室。
組織實施合同行政監督管理；查處合同詐騙等違法行為；合同糾紛的調解；承辦動產抵押物的登記和管理；監督管理拍賣企業和拍賣活動；組織引導企業和個體工商戶開展以“守合同、重信用”為主題的信用建設活動；指導合同管理協會的工作。
(10)商標局。
組織商標和特殊標誌的管理；組織本市著名商標的認定和管理以及廣東省著名商標和著名商標的推薦和管理；保護註冊商標、專用標誌和官方標誌的專用權，組織和指導查處商標侵權、假冒等違法行為；監督管理商標印刷和商標代理機構；參與廣州名牌帶動戰略的制定和實施；指導廣州商標協會的工作。
(11)廣告管理處。
組織實施廣告業發展規劃、政策和措施；指導、監督和管理廣告活動；組織中外合資、合作廣告企業的初審報告；核發廣告經營許可證和各類廣告登記證，進行廣告經營資格年檢；查處虛假廣告等違法行為；組織和指導廣告監測工作；指導廣告審查機構和廣告行業組織的工作。
(12)經濟檢查辦公室。
負責組織、指導、協調和監督本系統的經濟檢查；組織、指揮、協調、督辦和查處重大經濟違法案件；組織和指導查處不正當競爭、商業賄賂、走私、非法直銷、傳銷等經濟違法案件；監督管理直銷企業、直銷人員及其直銷活動；協助反壟斷工作。
(13)消費者保護部。
承擔流通領域商品質量的監督管理；在相關服務領域開展消費維權工作；指導消費者權益保護工作；組織和指導查處商品消費和服務領域制售假冒偽劣商品和侵害消費者合法權益的案件；指導消費者咨詢、投訴、舉報受理、處理和消費維權網絡體系建設；指導全市各級12315消費者投訴舉報機構的工作。
(十四)牲畜屠宰管理辦公室。
參與起草牲畜屠宰管理的地方性法規和規章；組織實施《廣州市生豬屠宰和生豬產品流通管理條例》；負責協調全市牲畜屠宰和肉品流通管理工作；指導牲畜屠宰管理執法機構的工作；會同有關部門對牲畜屠宰廠(場)的開辦事項進行審核，對分割肉、外來肉的經營者進行資格審查和備案登記。
(十五)黨委辦公室(與宣傳教育司、機關黨委辦公室合署辦公)。
承擔黨委的日常工作；負責本系統幹部的政治理論學習、宣傳教育和精神文明建設；協調基層標準化建設，開展基層創先爭優工作；規劃和指導幹部教育培訓，組織實施綜合教育培訓；組織出國學習和培訓；負責局機關黨群工作，指導本系統群團工作；負責本系統的計劃生育管理。
(16)黨委組織部(與人事部門合署辦公)。
負責本系統黨的組織建設；根據權限負責本系統的人事管理、領導、機構編制、工資福利；負責出國人員的政審、統戰和僑務工作。
(17)檢查團。
負責制定工商機關監管的相關制度；承擔對全市工商機關及其工作人員依法履行職責、行使職權、遵守紀律、工作作風、隊伍能力、隊伍面貌、行政效能的監督檢查責任；受理對行政效能、廉潔勤政的舉報和投訴；協助相關部門組織實施檢查員的培訓和考核。
(18)審計局。
負責組織對本系統各項財務和財務收支的審計監督；負責組織本系統各類項目的預決算和領導幹部任期經濟責任審計。
(十九)離退休幹部辦公室。
負責機關離退休幹部工作，指導本系統離退休幹部工作。