壹是西部市區的舊碼頭，有新風（在如意坊附近），有海珠區洲頭咀附近的內壹，內二和對面芳村的內四， 全部屬於廣州海關管轄。 現在基本使用新風碼頭內貿集裝箱和進口。
二是東部黃埔地區的舊港碼頭，自西到東為：永業碼頭（私人), 嘉利碼頭（私人），黃埔港務公司的舊港大碼頭（政府股份企業），外運公司旗下的烏沖口碼頭（上市企業集團旗下），集通碼頭(私人），廣裕碼頭（中遠旗下）。 屬於黃埔舊港海關管轄。 常用有： 舊港大碼頭，烏沖口兩個。烏沖口兼拼箱和雜貨類清關專用。舊港大碼頭兼內貿集裝箱。其他幾個小打小鬧。
三是東部開發區周邊的新港碼頭，有市港澳碼頭（又稱東江口碼頭，合資），外運東江倉（外運旗下），穗港碼頭（合資），全通碼頭（臺灣老板），廣州港集司碼頭（廣州港集團與新加坡PSA 公司合資），新沙碼頭（集司碼頭的分支，在東江大橋的東莞壹邊），保稅區廣保通碼頭。 屬於黃埔新港海關管轄，保稅區另屬專有海關。
常用： 集司碼頭（黃埔最大型碼頭）有外貿國際航班大船，港澳駁船，內貿船。 外運東江倉基本做進口壹點， 出口外貿少， 加上壹大部分的內貿船裝卸。 市港澳，穗港，全通都是合資公司， 進口客戶較多， 出口按各自與船公司的裝卸協議優惠，按船公司調配。 保稅區碼頭， 就有進出口保稅功能，特殊需要的客戶才去的。