醫療衛生行政部門按照職責權限負責健康醫療大數據應用發展的統籌協調、監督指導和組織實施。
大數據、人力資源和社會保障、食品藥品、公安、醫保、發展改革、財政、環保、民政、體育、扶貧、旅遊、教育等部門以及鄉(鎮)人民政府和社區服務管理機構應當按照各自職責和本條例規定，做好大數據在健康醫療中的應用與發展工作。第五條醫療衛生行政部門應當建立健康醫療大數據應用發展信用檔案，記錄醫療衛生機構、健康醫療服務企業及其相關從業人員的違法失信行為，納入統壹信用信息平臺管理。第六條各級人民政府及其有關部門、社區服務管理機構、醫療衛生機構和健康醫療服務企業應當加強健康醫療大數據應用與發展的宣傳教育。第七條任何單位和個人有權對醫療衛生大數據應用發展中的違法行為進行投訴和舉報。
醫療衛生行政部門應當建立健康醫療大數據應用發展投訴舉報制度，公布投訴舉報方式等信息，及時登記、處理和回復投訴舉報。第二章采集與銜接第八條市醫療衛生行政部門負責市全民健康信息平臺的總體建設、管理、運行和維護，用於全市健康醫療數據的采集、存儲和應用，並與省全民健康信息平臺互聯。
區(市、縣)醫療衛生行政部門應當按照職責做好市級平臺的管理、運行和維護工作。
醫療衛生行政部門可以通過合法委托、購買服務、協議合作等方式建設、管理、運營和維護市級平臺。第九條市級及以下公立醫療機構和國有醫療衛生服務企業應當按照國家和地方相關目錄和標準，采集公共衛生、計劃生育、健康服務、醫療服務、醫療保障、藥品供應、醫療器械、應急指揮、健康管理和綜合管理等醫療衛生數據，建設、改造、管理和維護各自的信息系統，並與市級平臺互聯。
鼓勵前款規定以外的醫療衛生機構和健康醫療服務企業按照國家和地方標準采集健康醫療數據，建設和改造自身信息系統，接入市級平臺。第十條醫療衛生機構、醫療保健服務企業應當采集受檢者本人或者其監護人的身份證號碼，作為電子病歷、電子處方等醫療保健數據的標識。無居民身份證的，應提供其他有效身份證明。委托人本人或者其監護人應當提供真實有效的身份信息。第十壹條醫療衛生部門、醫療衛生機構和健康醫療服務企業應當按照相關數據標準和規範，將依法履行職責、提供服務等業務活動產生的健康醫療數據采集並存儲到市級平臺。
鼓勵醫療衛生機構、健康養老服務企業等。利用可穿戴設備、智能健康電子產品、健康醫療移動應用等收集相關健康醫療數據。按照相關數據標準和規範，在市級平臺進行采集和存儲。
鼓勵醫療衛生機構和健康養老服務企業按照國家和地方標準梳理健康養老存量數據，並在市級平臺進行匯聚存儲。第十二條醫療衛生部門、醫療衛生機構和醫療保健服務企業應當按照“誰主管、誰負責提供、誰負責運營”的原則，更新醫療保健數據並實行動態管理。第三章應用與發展第十三條市人民政府應當統籌推進智慧醫保建設，組織人力資源社會保障、醫療衛生等相關主管部門整合新農合、城鎮居民基本醫療保險等信息系統，整合居民健康卡、社會保障卡等應用，實現門診之間的壹卡通用和結算。第十四條醫療衛生行政部門應當組織醫療衛生機構通過市級平臺建立覆蓋全民的居民電子健康檔案，明確數據信息的訪問權限，實現個人在線查詢、下載、使用和訪問居民電子健康檔案並授權醫療衛生機構。
醫療衛生行政部門應當規範醫療物聯網、視頻聯網、智能卡、健康醫療應用等的設置和管理。，推廣應用互聯網健康咨詢、在線預約分診、移動支付、候診提醒、費用查詢、物流查詢、檢查結果查詢、隨訪跟蹤和預警短信即時推送，建立規範、* *共享、互信的診療流程。