1.負責對本單位、本系統的各項資金收支計劃、外匯收支計劃、信貸計劃和執行結果，以及各項資金的範圍、標準和執行情況進行審計監督。
二、負責各種經營計劃的經濟效益和國內外簽訂的各種合同、協議的執行。
三。負責對會計報表、年度預算和各項基金決算的真實、準確、合規、合法進行審計監督。
四、負責對違反財經紀律，如侵犯國有資產、損失浪費和損害國家利益的行為，進行審計監督。重點審計幹預重要改革事項。
五、積極配合財政和紀檢部門，對經濟中的突出問題，進行項目審計監督。
六、貫徹國家審計法律法規，制定和完善內部審計制度，參與研究制定本單位的有關規章制度，並監督實施。
七、負責本單位領導和上級審計機關交辦的審計事項。配合上級審計機關和地方政府審計機關對本單位進行審計。向本單位負責人和上級審計機關作出審計報告和專項審計報告。第六條國家海洋局內部審計機構的主要職權是:
1.有權檢查被審計單位的計劃、報表、賬簿、預決算、資產、合同、協議、憑證和有關文件、資料，被審計單位必須如實提供，不得拒絕、隱匿或者銷毀。
二、有權參加被審計單位的有關會議，對審計中發現的問題，進行調查並取得證明材料，被審計單位的有關人員應積極配合，不得設置任何障礙。
三、有權責成被審計單位糾正和制止壹切不當的財務收支，提出改進建議，並限期改正。
四、依照國家有關法律法規，有權對違反財經紀律的單位和個人，提出處理建議；對遵守和維護財經紀律，效益顯著的單位和個人，提出表彰建議。
五、有權拖延、推諉、阻撓、刁難、拒絕、破壞單位和個人的審計工作，采取查封賬簿、現金、凍結資產等臨時措施，並報領導批準，追究直接責任人和有關領導的責任。
六、有權向上級審計機關，甚至向中華人民共和國審計署，反映本單位和本系統的情況和問題。依法行使職權，不受其他單位和個人的幹涉。
七、有權對被審計單位作出審計結論，經本單位領導分工或上級審計機關審批後，被審計單位必須認真執行。第三章內部審計機構的設置和對審計人員的要求第七條國家海洋局設立審計辦公室，負責局機關總部和直屬單位的審計工作，以及局機關各單位的審計業務指導，必要時對局機關各單位進行直接審計。第八條各分局應設立審計局，負責分局系統的全面審計監督。各研究所、預報中心、海洋學校、海洋出版社應在辦公室設專職審計員，在分工負責人的直接領導下獨立開展審計監督工作。第九條審計工作是壹項光榮而艱巨的任務，應當選拔作風正派、堅持原則、勇於創新、善於實踐、熟悉財經法規、具有壹定專業知識和精通會計業務的人員擔任。第十條審計人員應當認真學習和掌握黨和國家的方針政策、法律法令、財經法規、審計監督管理知識，提高政治和業務素質。要努力做到實事求是，公正廉潔，遵紀守法，秉公辦事，忠於職守，不徇私情，依靠群眾，調查研究，模範遵守職業道德。第十壹條審計人員應保持相對穩定，主要負責人的任免和調動應事先征求上級審計部門的意見。審計人員壹般不應隨意調動。