公司董事會設“發展戰略委員會”、“風險管理委員會”、“審計委員會”和“薪酬與提名委員會”四個專門委員會。公司經營層設“風險控制”、“績效考核”、“投資決策”、“項目內核”四個非常設委員會，公司內設部門有營銷經紀總部、投資銀行總部、投資管理總部、客戶資產管理總部、北京業務總部、上海業務總部、南方業務總部七大業務總部及固定收益部、資本運營部、投資研究中心、客戶資金存管中心、信息技術部、資金計劃部、法律事務部、風險監管部、稽核部、董事會辦公室、人力資源部、辦公室、財務會計部、行政管理部等業務經營與綜合管理部門；48家證券營業部、20家證券服務部覆蓋北京、上海、天津、重慶、深圳、沈陽、青島、大連、廣州、無錫、杭州、中山等金融中心城市及安徽省各地市。員工人數超過8000人。2004年9月，公司控股長盛基金管理有限公司；2005年10月公司取得創新試點證券公司資格；2006年6月，公司獲批在香港設立國元證券（香港）有限公司；2007年7月公司獲批註資控股國元期貨經紀有限公司；2007年8月，在中國證監會組織的證券公司分類評選中被評為A類A級證券公司；2007年10月，經中國證監會批準，公司收購原天勤證券13家營業部正式新設開業；2007年10月30日公司在深圳證券交易所成功上市（股票代碼：000728）。
公司嚴格遵循“法制、監管、自律、規範”八字方針，弘揚“團結、敬業、求實、創新”的企業精神，秉承“誠信為本、規範運作、客戶至上、優質高效”的經營理念，切實提高核心競爭力和持續發展能力，開拓創新，追求卓越，積極參與國內外市場的競爭與合作，力爭在三至五年內逐步把公司建設成為資產規模大、市場占有率高、金融品種豐富、內控機制完善、讓客戶滿意、讓廣大投資者和監管部門放心的具有國內壹流水平的上市證券公司。