在檢查過程中，海關將特別註意以下事項:1。所有反映收入材料實際成本的賬目，都要與企業相關單據(如進口報關單、合同、發票等單據)中的數量、規格、金額進行核對，看賬、單(證)是否壹致，對應的材料結算賬戶為銀行存款和應付賬款。同時，要找出用紅字核銷金額的原因。2.對於任何反映材料發出(調撥)金額的科目，檢查其流向是否進入了生產環節，其對應的科目應為生產成本。3.對於按計劃成本核算的企業，“材料采購”科目反映的借貸余額是否已進入差異科目，從差異科目轉出的金額是否用於調整已進入生產成本的收入材料的計劃成本，調整和轉出的對應科目為生產成本。
就產品的生產加工而言，企業的生產加工過程既是原材料的消耗過程，也是產品的形成過程。這個環節檢查的重點是:1。產品單耗是否合理；2.處理後的戶籍材料是否被汙染。主要審核的賬目有:生產成本(其中明細賬壹般是產品成本計算單)、在產品、產成品。檢驗方面，對出口產品加工成本計算單中消耗的原材料金額進行專項審核，其品種、規格、單價是否與倉庫發料壹致；月度領料單使用的原材料數量是否全部投產，月末(期間)是否辦理剩余材料的假退料手續；其次，檢查產品加工過程中的原材料單耗是否在規定或合理的範圍內。
所以海關只是按照某壹批或者某壹段時間來衡量成品的總量。即:(加工壹件產品的原材料單耗)=(原材料總消耗量)/(合格產品總產量)。將計算出的實際“單耗”與企業申報的原材料計劃定額“單耗”進行比較；也可以根據企業的壹般工業定額乘以原材料利用率，確定其消耗定額與實際的差異。總的來說，企業產品單耗超標的原因很多，既有壹般生產的原因，也有人的因素。檢查中，海關特別關註是否存在月末不在賬面上的假進料、假退料手續，從生產環節直接發現可能存在的假用料或“飛料”情況。
至於產品銷售環節，是加工產品出口獲取正常利潤和收入的過程，也是企業擅自在國內申報出口產品，違規從保稅料件獲取非正常收入的途徑。因此，在這個環節中，檢查的重點是產品全部加工後出口的企業是否存在內銷現象；對部分產品內銷的出口加工企業，內銷比例是否超過規定限額。核查的主要賬戶包括:銷售收入(包括產品和其他銷售收入)、產品銷售成本、銀行存款、現金和往來結算賬戶。如果企業存在未經授權的非法銷售行為，可能反映在銷售賬戶以外的其他賬戶，如借記銀行存款、現金或應收賬款；貸記產成品和產品銷售成本；或者從記錄行借入存款，貸記應付賬款；然後借記應付賬款，貸記產成品或產品銷售成本等等。
海關還可以查詢銀行存款和往來賬戶，結合銀行對賬單逐壹核對企業的銀行存款。同時也可以了解被檢查企業有多少銀行賬戶，從而發現是否存在違法和隱瞞銷售收入的行為。
以上海關檢查重點關註臺商在大陸投資的長期關註。