內設12個部門，設六個專業委員會和十個行業委員會。業務隸屬海南省工業和信息化廳指導。海南省人大常委會副主任吳昌元同誌任第壹會長。
省企業家協會成立20年來，在歷屆省委、省政府領導的親切關懷下，在中國企業聯合會、中國企業家協會和海南省計劃廳、海南省工業和信息化廳的指導下，秉承“為省政府經濟建設服務，為企業和企業家服務”的宗旨，堅持“辦負責任的協會，當負責任的企協人”的辦會理念，在推動我省經濟社會發展、建設企業家隊伍、維護企業和企業家合法權益、反映企業呼聲、給政府提供可行性建議和提案，改善海南投資環境，加強信用建設等方面開展了大量卓有成效的工作，受到了省政府和有關部門的重視和支持。目前會員已發展到2600多個，成為我省規模最大、檔次最高、最具影響力的社團之壹。
2001年10月，根據“南京會議”精神，海南省企業家協會被確定為海南省維護企業和企業家（雇主）合法權益的唯壹代表，依法參加由海南省人力資源和勞動保障廳、海南省總工會及海企聯組成的海南省協調勞動關系三方聯席會議，為維護企業及企業家的合法權益做了大量實質性的工作。2003年1月14日由政府批準，協會牽頭成立海南省企業信用評價中心，它的成立對企業信用建設及海南創造良好的信用環境做出了貢獻。
2008年全球性金融危機爆發後，為幫助眾多受金融危機影響的中小型企業走出困境，省企協組建了海南首個中小企業幫扶受理中心和中小企業信用服務平臺，積極開展溝通政企、銀企、聯合金融機構和擔保公司融資放貸、企業權益維護、法律咨詢援助、市場開發拓展、協助申請政府救助等服務工作，利用各項政府扶持政策，及時幫助我省中小企業“過冬防寒”。
海企聯連續五年開展了海南企業百強排序和編纂出版《海南省企業發展報告》；組織了五屆海南省優秀企業和功勛、優秀企業家評選表彰活動；堅持舉辦重大節日慶典聯誼活動，增進企業間、企業與社會各界的溝通聯系；定期舉辦各類培訓班和專家報告會，提高企業家素質；建立覆蓋全省的企聯網站和編輯出版《海南企業家》報，為會員提供信息及合作平臺等，都創立了自己的獨特服務品牌，受到了社會各界的好評，有效地激勵了我省企業家隊伍的成長，贏得了廣大企業、企業家的充分信賴。
海企聯的工作得到了社會各界的認可，榮獲國家民政部授予的“全國先進社會組織”、“全國先進民間組織”和海南省民政廳授予的“海南省先進社會組織”、“海南省先進民間組織”，及海南省社科聯授予的“海南省先進學會”等榮譽稱號。
今天的海企聯，群星薈萃，既有管理方面的精英，又有大批朝氣蓬勃的後起之秀。憶往昔，二十年的不懈努力，二十年的求索進取，海南省企業家協會為我省的社團組織建設做出了開創性的貢獻；展未來，我們將繼往開來，與時俱進，迎來更加輝煌燦爛的明天，為加快海南國際旅遊島建設、促進海南省經濟社會又好又快發展不斷做出新的貢獻！