花溪鎮因境內花溪河而得名。清康熙四十六年（1707年）改編，屬孝裏五甲。清末設土橋場，民國初因之，後改土橋裏，1930年置土橋鄉，1935年改稱土橋聯保，1940年與文峰聯保合並為土文鄉，1941年恢復土橋鄉，1944年1月改為屏都鎮，解放初建制不變。1952年10月，重慶市行政區劃調整，屏都鎮由巴縣劃歸重慶市第四區（今九龍坡區），並和南泉管理局之農村部分改設為新生、其龍、道角、合作、堤坎5個鄉。1953年6月，巴縣立桅鄉之白鶴村、界石鄉之虎嘯村劃入合作鄉。1956年8月新生、其龍兩鄉及堤坎鄉壹部分合並為土橋鄉，堤坎鄉另壹部分並入合作鄉。1958年土橋、合作、道角3鄉合並建花溪公社。1963年從花溪公社劃出自由、紅星、白鶴、虎嘯4個大隊設南泉公社。1983年9月花溪公社改稱花溪鄉。1994年1月撤花溪鄉建花溪鎮。1994年12月重慶市行政區劃調整，花溪鎮由九龍坡區劃歸巴南區管轄。2001年7月，巴南區鄉鎮街道建制調整，原土橋街道辦事處撤並到花溪鎮巴南區花溪鎮地處重慶市主城核心區西南部，位置重要，交通便利。是重慶主城區的南大門。花溪鎮於2001年8月由原花溪鎮和土橋街道辦事處合並而成，城區面積10平方公裏，其中：城鎮人口5.3萬人，農業人口3.2萬人，轄10個行政村、13個社區居委會。現新的區行政中心將搬遷到花溪鎮道角村，該鎮將成為巴南區政治、經濟、文化中心。鎮內擁有以重慶機床廠為龍頭的8家國有大中型企業，有以宗申集團為龍頭的400多家非公有制企業，有以重慶工學院、重慶城市管理職業學院、重慶高級技工校、重慶市農科所等壹批科研院校，具備壹定的工業、科研，人才和技術基礎，經濟發展具備較強的後勁和活力。2005年，全鎮實現GDP 19.88億元，工業總產值65.2億元，社會消費零售總額13億元，出口創匯1.5億美元，入庫稅金3.2億元，綜合經濟實力在全市鎮街中位居第二；先後榮獲了全國重點小城鎮、中國鄉鎮之星、重慶市發展鄉鎮企業明星鄉鎮、重慶市經濟綜合開發示範鎮等稱號。