會計報稅的基本流程如下：
（壹）發票認證系統
1. 報稅員在每月30號或者31號前，審核從應付會計處取得的增值稅進項發票(包括票面信息填寫齊全、密碼區打印在限定區域內、印章清晰完整、票面整潔無損)，對不符合增值稅發票要求的，退回采購員處，由采購員重新向供應商索取合格的增值稅發票。
2. 對合格的增值稅發票進行電腦掃描、核對，將掃描好的數據保存在3.5寸盤或U盤，在30號或者31號拿到稅務機關進行認證，稅務機關將通過當期認證的信息反饋至提交的軟盤中，當月認證完畢的進項發票必須在當月抵扣 。
3 .將載有反饋信息的軟盤讀入電子申報系統，完成增值稅進項發票的認證作業。並按稅務機關的要求將已通過認證的發票按每本25份裝訂，以備查。如果作為固定資產退稅的進項稅額，則不允許進行抵扣，要在讀入的信息後在系統中設置為“本期不抵扣”。
（二）免抵退申報系統:
1.報稅員根據政府統壹格式的出口報關單(白單)錄入免抵退稅申報系統本期出口信息;根據已報關出口的報關單轉載自經濟生活網，請保留此標記(黃單))、外匯核銷單、出口發票錄入本期單證收齊信息；
完成後形成申報盤並向稅務機關預申報，稅務機關將電子信息反饋至報盤中再由企業讀入該信息。
2.讀入預審反饋信息後,即可生成”免抵退”正式申報盤向稅務機關進行正式申報,並打印相關報表。
3. 免抵退申報表的數據應與”電子申報表”的數據核對,確保準確無誤。
（三）個人所得稅申報系統
1. 錄入公司員工基本資料
2. 每月工資核算後，跟工資核算員索取每月公司員工薪資情況表，導入系統中，計算所得稅額是否跟薪資表結果壹樣。