會計信息系統的建設與運行是實現會計工作良好發展的必要措施，首先企業高層應當加強認識，轉變傳統的對會計信息系統的認知觀念，認識到會計信息系統的建設完善是提升企業核心競爭力的重要手段，能夠促進企業的全面可持續發展。並且，單位的業務部門主管應當將會計信息化工作加入企業信息化工作當中，針對目前的現狀以及問題，針對性地制定出信息化建設發展的計劃，將資金管理系統、成本系統以及財務系統等進行有效的結合，從而促進更完善的管理與實施。
2.加強會計人才隊伍建設
人才的作用在會計信息化工作當中顯得越來越重要，高素質人才決定著企業的發展。因而企業應當不斷加強對專業人才隊伍的培養。首先應當完善體制建設，結合國外成熟的知識技術，完善會計機制，取長補短。其次應當加強對專業從業人員的技能培訓，定期組織從業人員學習專業的會計技術知識，不斷提升專業素養，提升對計算機系統的應用能力，加強管理，從而促進會計信息系統更完善的運行與實施。
3.建立完善內部控制制度
會計信息系統內部控制制度能夠有效保護財產的安全完整，確保會計信息數據的可靠有效，因此應當切實加強內控制度的建設，保證國家的相關政策、方針以及單位制度的貫徹與落實，結合系統的內部分工相互關聯，形成壹套行之有效的管理控制措施，完善管理制度，提升數據正確性，保證會計信息安全完整。
4.加強會計信息系統風險控制
會計信息系統存在著服務器硬件故障、數據泄露以及黑客入侵等風險，因而在管理上應當進行完善的控制。首先需要以硬件為基礎，全力構建起完善的保密風險控制體系，例如建立起硬件防火墻，部署防火墻工具;啟動備用機器，實現定期自動備份;建立起機房硬件服務器的安全保護制度等。同時也要以軟件為核心，建立起風險控制制度，企業對於賬號使用權要進行嚴格的控制;實施數據加密，避免數據的完整性遭到破壞;限制IP，提升安全性能;將具體的責任分配到每壹個崗位，建立起有效的責任制，進行全面的防範。