在運輸發票信息的采集、傳輸、比對的流程中，采集是整個流程的開始。信息采集的數據質量直接關系到整個運輸發票管理工作的質量，同時由於信息的采集還涉及到對納稅人的要求，因此，運輸發票數據采集工作必須要在加強管理的基礎上，借助信息化手段，並針對不同的情況采用不同的采集方式才能達到加強管理的目的，為後期的傳輸、比對處理做好準備。各國稅局、地稅局主管稅務機關應輔導並督促納稅人按照總局相關辦法的規定如實填寫相關表證單書。
信息采集主要分為如下兩類： 該信息由貨物運輸發票開具方完成信息采集工作，依據不同的開具方式分為如下三種。
1.自開票的公路、內河貨物運輸業納稅人
納稅人應根據開具的相關運輸發票逐票填寫《自開票納稅人貨物運輸業發票匯總清單》，同時使用“貨物運輸發票信息采集軟件（自開票企業版）” 將清單信息逐條采集到系統中並生成清單的電子信息。在進行營業稅納稅申報時隨同相關報表壹並報送。
2.由主管地方稅務局代開票的公路、內河貨物運輸業納稅人
主管地方稅務局應根據代為開具的相關運輸發票逐票填寫《地稅局代開貨物運輸業發票匯總清單》，同時使用“貨物運輸發票信息采集軟件（地稅局版）” 將清單信息逐條采集到系統中並生成清單的電子信息。
3.由中介機構代開票的公路、內河貨物運輸業納稅人
代開票中介機構應根據代為開具的相關運輸發票逐票填寫《代開票中介貨物運輸業發票匯總清單》，同時使用“貨物運輸發票信息采集軟件（地稅中介版）” 將清單信息逐條采集到系統中並生成清單的電子信息，報送至主管地方稅務局。 取得貨物運輸發票的增值稅壹般納稅人應完成信息采集工作，依據不同的采集對象分為如下二種。
1.增值稅壹般納稅人取得所有需計算抵扣增值稅進項稅額的運輸發票，應根據相關運輸發票逐票填寫《增值稅運輸發票抵扣清單》，同時使用“貨物運輸發票信息采集軟件（壹般納稅人版）” 將清單信息逐條采集到系統中並生成清單的電子信息，在進行增值稅納稅申報時隨同相關報表壹並報送。
2.由中介機構代理的增值稅壹般納稅人取得所有需計算抵扣增值稅進項稅額的運輸發票，受托中介機構應根據相關運輸發票逐票填寫《增值稅運輸發票抵扣清單》。同時使用“貨物運輸發票信息采集軟件（國稅中介版）” 將清單信息逐條采集到系統中並生成清單的電子信息。增值稅壹般納稅人在進行增值稅納稅申報時隨同相關報表壹並報送。