制定全省國稅系統年度工作計劃和相關工作制度；組織省局重要文稿的起草和審核；負責文電、機要、會議、檔案、督查、信訪、保密、密碼、安全等工作；承辦面向社會的稅收宣傳、新聞發布、政務公開和政府信息公開工作；承擔網站的運行和維護；管理機關的財務和其他行政事務；組織辦理全國人大代表的議案和建議以及CPPCC委員的提案。
政策法規司
制定並組織實施全省國稅系統依法行政和稅收管理工作計劃；組織協調涉及多個稅種的綜合稅收政策的實施；組織開展綜合性稅收政策研究；承擔本機關相關規範性文件的合法性審核，定期進行清理、評估和反饋；承辦局外多稅種、綜合性稅收政策文件工作；牽頭審理重大稅收案件，規範稅務行政審批；承辦稅收規範性文件的備案備查工作；辦理行政復議、賠償案件和行政訴訟案件；組織反補貼案件的應訴。
商品和服務稅辦公室(進出口稅管理局)
組織實施增值稅、消費稅、營業稅和車輛購置稅的征收管理，制定具體的征收管理實施辦法；解釋和處理與稅務相關的具體業務問題；組織實施相關稅種的納稅評估和稅源管理；管理增值稅專用發票；指導相關稅收的日常管理和檢查；參與與稅收有關的納稅輔導、咨詢服務和稅收法律救濟工作。
組織實施進出口貿易稅收管理，制定稅收管理的具體實施辦法；參與編制年度出口退(免)稅計劃，下達年度退稅計劃；組織實施出口退稅管理；監督檢查進出口稅收政策的執行情況。
所得稅辦公室
組織實施企業所得稅、儲蓄存款利息所得稅和法律法規規定的基金(費)的征收管理，制定具體的征收管理實施辦法；解釋和處理與所得稅相關的具體業務問題；組織實施納稅評估、稅源管理、稅基管理、匯算清繳等措施；指導所得稅相關稅種的日常管理和檢查；參與與稅收有關的納稅輔導、咨詢服務和稅收法律救濟工作。
收入規劃和會計辦公室
牽頭編制年度稅收計劃、出口退(免)稅計劃，下達年度免(免)稅轉移計劃；監督檢查納稅和退稅情況；組織稅收收入分析預測、稅收收入能力測算、重點稅源監控和企業稅收數據調查；組織實施稅務會計、統計核算、稅收票證管理等相關制度；承擔稅收數據的綜合管理和應用，對外發布稅收數據。
稅務服務辦公室
組織、協調、指導全省國稅系統各部門、各稅種、各環節的納稅服務工作；組織實施納稅服務工作規範和操作規程；組織實施保護納稅人權益的規章制度和規範性文件；組織協調實施納稅輔導、咨詢服務、稅收法律救濟等工作，受理納稅人投訴；組織實施納稅信用體系建設；指導稅務糾紛的調解；組織實施對納稅人的稅法宣傳。
行政和科技發展司
組織實施綜合稅收征管法律法規、部門規章和規範性文件，制定具體操作辦法；研究提出完善專業化征收管理和稅收征管法規的建議；組織實施稅收征管數據管理和應用方法、綜合納稅評估方法，承擔稅收征管質量評估、風險管理和稅收征管因素分析；承擔稅務登記、納稅申報、普通發票管理、稅控裝置推廣應用等工作。組織實施個體和集貿市場稅收征管、稅收管理員制度。組織實施稅收管理信息化建設的規劃、方案和制度；組織實施本系統信息技術系統的建設、監督和驗收；承擔稅收管理信息化建設項目的立項、技術標準、業務要求和資金使用管理；承擔稅收管理信息系統的建設、監督和檢查。
財務管理辦公室
制定財務管理和基本建設管理辦法；審核和編制部門預算和決算；組織實施會計核算基本規範，分析評估稅收成本；組織實施國庫集中支付，辦理具體支付事項；組織實施全省國稅系統資產的購置、占有、使用、處置和清理工作；負責服裝管理。
組織實施政府采購規章制度，制定具體實施辦法和操作規程；擬定年度采購計劃，辦理具體采購事宜；規範本系統政府采購業務管理，防範和化解采購風險。
內部審計辦公室檢查員
組織對稅收法律法規、部門規章和規範性文件實施情況的監督檢查；組織實施財務管理、基本建設項目、大宗貨物采購審計和領導幹部經濟責任審計；組織實施稅收執法責任制、稅收執法過錯責任追究制，承擔稅收執法質量評估；檢查人員執行稅收執法檢查結論和各項審計結論。
人事處
組織實施幹部人事制度和稅務人才隊伍建設規劃，制定具體實施方案；承辦人事、機構編制、公務員管理和獎勵工作；承擔工資、人事檔案和專業技術職務的管理工作；承擔對下壹級領導班子和領導後備幹部的管理、考核和監督；監督檢查全省國稅系統幹部人事規章制度的執行情況；辦理出國政審。
檢驗工作辦公室
組織實施檢查制度，制定具體實施辦法；擬定年度檢查工作計劃，組織檢查工作；監督檢查下壹級領導班子和領導幹部執行政治紀律、組織紀律、群眾工作紀律和黨風廉政建設的情況；落實、協調和監督幹部監督聯席會議領導小組議定和決定的事項。
教育司(思想政治工作辦公室)
制定並組織實施人才培養、學歷教育管理制度、工作規劃和年度計劃；組織培訓質量評估和評價；承擔教育培訓項目的開發和管理；承擔教育培訓經費管理和培訓機構的業務管理；指導、檢查全省國稅系統的教育培訓工作；組織實施全省國稅系統黨的建設、思想政治工作、精神文明建設、稅收文化建設和基層建設。？
檢查辦公室
組織實施紀律檢查和行政監察制度，制定具體實施辦法；監督檢查全省國稅系統各級機關和工作人員貫徹執行黨的路線方針政策和遵守國家法律法規及部門規章的情況；監督檢查全省國稅系統各級領導班子及其成員維護黨的紀律、執行民主集中制、選拔任用幹部、落實黨風廉政建設和勤政工作責任制的情況；組織協調全省國稅系統黨風廉政建設和反腐敗工作；受理對全省國稅系統工作人員違法違紀行為的舉報、投訴和相關申訴；查處全省國稅系統工作人員的違法違紀案件和其他重要案件；開展執法監督和整改工作。
國際稅務管理(大型企業稅務管理)
指導、協調和檢查有關稅收法律法規和國(地區)間稅收協定、安排的實施；組織實施非居民企業所得稅征管制度，辦理國(境)外相關稅務事宜；牽頭組織實施特別納稅調整，解釋和處理具體業務問題；管理機關和系統的外事工作。
承擔為大型企業提供納稅服務的工作；承擔大型企業的稅源管理、納稅評估和日常檢查；組織實施匯總(合並)納稅企業的日常稅務檢查。
機關黨委辦公室負責機關及直屬單位的黨群、工會、青年團體和婦女工作；承擔機關精神文明建設和機關思想政治工作；承擔入黨積極分子和黨員發展的教育、培訓和考察工作；承擔機關統戰工作。
離退休幹部辦公室承擔離退休幹部的服務和管理工作；監督、檢查和指導全省國稅系統離退休幹部工作；組織離退休幹部工作經驗交流，協調全省國稅系統離退休幹部活動。檢驗局
組織實施稅務檢查法律法規、部門規章和規範性文件，制定具體實施辦法；組織、協調和監督稅收違法案件的查處；受理稅收違法案件舉報，辦理重大稅收違法案件的立案和查處事宜，提出審理意見；牽頭組織實施稅收專項檢查和稅收專項整治工作；協調公安、檢察、審判機關辦理稅務檢查；指導和協調稅務檢查工作。
稽查局設六個內設機構(正廳級):辦公室、綜合選案科、稽查科、案件審理科、案件執行科、舉報中心。信息中心
承擔本系統信息化建設的技術服務、技術支持和技術保障；承擔稅收管理信息系統的運行和維護；組織本系統技術基礎設施的建設管理和運行維護；參與制定稅收管理信息化建設規劃和實施計劃，參與稅收管理信息化建設項目立項、技術標準、業務需求、資金使用等工作；組織本系統的信息安全管理和實施。？
器官服務中心
承擔代理後勤事務的管理、保障和服務，制定代理事務的具體工作制度並組織實施和監督檢查；參與機構後勤系統的改革；指導全省國稅系統的後勤服務工作。？
稅務科學研究所
制定並組織實施全省國稅系統稅收研究工作規劃和方案；承擔稅收基礎理論、應用理論和專題研究工作；收集和整理稅務信息；編輯內部稅務期刊和地方稅務記錄。？
註冊稅務師管理中心
組織實施註冊稅務師行業管理政策和制度，承擔行業資格、資格考試、考試和培訓工作；監督檢查行業的執業情況。
吉林省稅務幹部學校
承擔全省國稅系統教育培訓的實施工作。
吉林省稅務幹部學校有8個內設機構(正科級)。