在國內大部分地區已經沒有職業病防治院，在2006機構改革時並入疾病預防控制中心。現存的兩種機構，我們以廣東省為例介紹它們之間的區別：
1、單位地址不同
廣東省疾病預防控制中心在廣州市番禺區大石街群賢路160號
廣東省職業病防治院在廣州市海珠區新港西路海康街68號
2、職能不同
廣東省疾病預防控制中心是全省突發公***衛生事件應急處置和疾病預防控制技術指導中心，是隸屬於廣東省衛生健康委的副廳級公益壹類事業單位。它組建於2000年12月28日，前身為成立於1952年的粵穗衛生防疫站。
廣東省職業病防治院成立於1960年，是廣東省衛生計生委（現稱省衛生健康委）直屬事業單位，廣東省職業病防治技術指導和技術管理機構，廣東省中毒急救中心和國家化學中毒與核輻射醫療救治基地，也是國家衛生計生委確定的華南地區勞動衛生與職業病防治中心。
3、機構設置不同
廣東省疾病預防控制中心***設20個副處級內設部門和2個正處級直屬機構。20個副處級內設部門包括5個職能部門、15個業務部門。5個職能部門分別是：辦公室、紀檢監察室（與黨委辦公室合署）、人力資源部、計劃財務部、科教與信息部；15個業務部門分別是：傳染病預防控制所、
艾滋病預防控制所、寄生蟲病預防控制所、消毒與病媒生物預防控制所、免疫所、慢性非傳染性疾病預防控制所、基層衛生與地方病預防控制所、營養與食品安全所、環境與學校衛生所、病原微生物檢驗所、衛生化驗所、衛生毒理所、公***衛生應急部、生物制品與器械部、質量技術部。
廣東省職業病防治院專家分別擔任國家突發公***衛生事件專家咨詢委員會、全國衛生標準委員會、全國毒理學會、中華預防醫學會職業病專業委員會、國家職業病診斷與鑒定技術指導委員會、
國家核事故醫學應急專家組和中華醫學會放射醫學與防護學會等專業組織的副主委、常委或委員以及多個國家級雜誌的主編、副主編和編委。設有住院部、門診部、衛生監測、毒理等19 個科室。
參考資料：
廣東省疾控預防控制中心-中心概況廣大省職業病防治院-簡介