殼聚糖蠕蟲的殼壁極其脆弱,殼部厚度大致均勻,往往向口端變薄。如果殼墻結構有1層、2層或3層,往往是外層裝修。殼壁的成分還沒有定論,但認為是有機物,而不是真正的幾丁質。殼聚糖的分類主要依據外部形態、表面裝飾、殼底邊緣特征等。,還有壹些是按照內部結構分類的。目前多數學者將其歸為幾丁質科,分為兩大類(亞目),3科,50余屬,400余種。Barry (1981)提出了壹個比較合適的分類方案,分為甲殼素和甲殼質兩大類。枝孢屬僅包括枝孢科和4個亞科。頸球蚧總科包含球蚧總科和球蚧總科10個亞科。
目前,大多數學者認為甲殼素屬於動物界。主要論點有:①與原生動物有關;②屬於或類似於某些已滅絕的後生動物的卵或卵囊,幾丁質的殼壁超微結構研究也支持這種說法;③是獨立滅絕的後生動物;(4)甲殼質的殼囊是碧石原胎兒管之前階段的化石,即所謂的前囊胚階段;⑤與淺水中甲藻等藻類和真菌有關。也有人認為幾丁質不是壹個自然類群,而是包括後生動物、藻類和真菌的混合類群。