根據上述職責，省中小企業局內設6個職能處室（正處級）。
（壹）辦公室。
負責文電、會務、機要、檔案等機關日常運轉工作；承擔信息、安全、保密、信訪、政務公開、機關財務管理等工作。
（二）工業園區處。
擬訂全省工業園區發展規劃；監測分析工業園區運行態勢；提出促進工業園區發展法規、政策及措施的初步建議；具體承擔工業園區的組織、協調和服務以及省工業園區工作領導小組辦公室的日常工作。
（三）非公有制經濟處。
監測分析全省非公有制經濟發展態勢；提出促進非公有制經濟發展的政策措施建議；指導非公有制企業加強管理；承擔小企業創業基地建設和省促進非公有制經濟發展領導小組辦公室的日常工作。
（四）信用擔保處。
負責對中小企業信用擔保機構設立的前期審核、日常業務監管工作，協調解決中小企業融資問題和處置風險，提出改善中小企業融資環境的政策措施建議；承擔省中小企業信用擔保指導協調小組辦公室的日常工作。
（五）企業發展指導處。
負責全省中小企業的綜合協調、指導服務和經濟運行分析，提出發展規劃和政策措施建議；承擔中小企業成長工程的具體實施、服務體系建設工作。
（六）人事處。
負責機關及直屬單位的人事管理、機構編制及機關離退休人員管理；指導中小企業教育培訓及隊伍建設等工作。
機關黨委。負責機關和直屬單位的黨群工作。