交通主管部門、國有企事業單位和法律、法規、規章規定的其他單位，應當依法實行內部審計制度，以加強內部監督，遵守國家財經法規，促進廉政建設，維護單位合法權益，改善管理，提高經濟效益。第二章機構和人員第三條下列單位應當設立與本單位其他職能部門同級的獨立內部審計機構:
(壹)雙重領導港口；
(2)下屬交通、港口、建築和工業企業；
(三)船舶檢驗、打撈、科研、設計、大專院校等下屬機構；
(四)隸屬長江、珠江航務管理局等機構；
(五)其他需要設置內部審計機構的單位。
下級海事(水務)監督單位應當根據工作需要，設立與其他職能部門同級的獨立內部審計機構。
其他審計業務較少的單位，應設置與其他職能部門同級的專職內部審計人員。
各省、自治區、直轄市交通廳(局)應根據當地有關規定設立相應的審計機構。
各交通企事業單位下屬單位的內部審計機構由各單位自行確定。
各省、自治區、直轄市交通廳(局)和地、市、縣級交通廳所屬單位內部審計機構的設置，由交通廳(局)根據具體情況確定。
各級交通主管部門和企事業單位可根據需要設置總審計師。第四條內部審計機構應當配備與其承擔的審計任務相適應的內部審計人員。
內部審計人員按照幹部管理權限的規定任免。內部審計機構負責人和未設內部審計機構的專職審計人員的任務，應事先征得上壹級主管審計機構的同意。
內部審計人員應保持相對穩定。第五條內部審計人員應當具有良好的政治素質、較高的審計和會計專業水平以及必要的經濟、工程專業知識。
內部審計師應該接受在職培訓。第六條內部審計人員初級和中級專業技術職務任職資格的考核和聘任按照國家有關規定執行。
部屬單位內部審計人員高級職稱評審由部組織實施。省、自治區、直轄市交通運輸廳(局)內部審計人員高級職稱評審參照當地有關規定辦理。第七條內部審計人員現場工作享受適當補貼，具體標準參照當地審計機關的有關規定執行。第八條內部審計人員應當依法審計，忠於職守，堅持原則，客觀公正，廉潔奉公，保守秘密，不得濫用職權，徇私舞弊，泄露秘密或者玩忽職守。第九條內部審計人員依法行使職權受法律保護，任何組織和個人不得打擊報復。第三章職責第十條在主要負責人(主任、理事、經理、院長等)的直接領導下，)對本部門、本單位，內部審計機構根據法律、法規和政策以及本部門、本單位的規章制度，獨立行使內部審計監督權，報告工作。第十壹條審計署駐交通部審計局負責領導下屬單位，指導和監督全國交通行業內部審計工作；地方交通主管部門審計機構負責領導下屬單位，指導和監督地方交通內部審計工作；各單位內部審計機構負責領導所屬單位的內部審計工作。
交通企事業單位的審計機構應服從上級主管部門或本單位審計機構的業務領導，並報告工作。
交通主管部門審計機構應當接受上級交通主管部門審計機構的業務指導和監督，並報告工作。
交通主管部門和企事業單位的審計機構應當接受審計機關的業務指導和監督。第十二條交通主管部門和企事業單位的審計機構領導所屬單位的內部審計工作，主要負責:
(壹)根據法律法規和本部門、本單位領導的要求，制定內部審計工作的發展規劃和規章制度。
(二)檢查督促下屬單位按照國家有關規定建立健全內部審計機構，配備內部審計人員。
(三)下達年度審計工作計劃，明確工作重點，提出具體工作要求。
(四)檢查督促內部審計機構和審計人員按照有關規定開展內部審計工作。
(五)根據工作計劃開展審計和審計調查。
(六)組織內部審計理論研究，培訓內部審計人員。
(七)總結、交流、宣傳內部審計經驗，表彰內部審計先進單位和個人。