有以下不同之處:
1.商業模式:從商業模式來看，JD.COM是價值鏈整合模式，天貓是開放平臺模式。
價值鏈整合模式以產品流管理為戰略核心，以現金流管理為系統支撐，以信息流管理為資源整合手段，形成垂直整合的網絡零售業態，具有業務封閉、平臺開放、長期邊際收益遞增的特點。
開放平臺模式是壹種網絡零售業態，其目標是為買賣雙方提供網絡交易機會和條件，是網絡交易平臺規模化收益管理的戰略核心。其特點可以概括為搭建平臺、吸引投資、擴大規模、形成商業壁壘。
總體來說，天貓在信息流和現金流方面領先壹步，而在產品流方面，JD.COM在產品質量、價格保障、發貨速度、售後服務等方面優勢明顯，尤其是在客單價較高的3C產品領域。
2.盈利模式:從盈利模式來看，剔除廣告和服務費，JD.COM自營電商，自買自賣，賺取差價，以低價甚至犧牲毛利率的方式獲得規模化銷售，從而獲得利潤和更重要的現金流。
天貓本身不參與商品的銷售和服務，賣家負責商品的銷售、配送和售後服務，大大降低了商城的配送和售後服務成本。另外，有了同為阿裏系的支付寶作為支付結算工具，天貓的盈利能力和對資金流的控制能力明顯更好。
3.物流系統:物流系統在電子商務業務系統中占有非常重要的地位。從物流配送的角度來看，JD.COM和天貓采用完全不同的物流配送模式。
JD.COM完全建立了自己的倉儲、物流、配送體系，采用分布式庫存管理，提前將各個供應商的庫存收集到各個區域，訂單產生後快速發貨。天貓完全依賴第三方物流配送，采用集約化庫存管理。訂單產生後，商家會通過快遞在各個區域集合，然後發貨。
前者模式重，成本高但用戶體驗好，後者模式輕，成本低但用戶體驗不可控。鑒於各自的缺陷，JD.COM采取了開放自建物流的方式來攤薄成本。
阿裏通過菜鳥網絡實現第三方物流的資源整合。賣家利用分布在全國各地的菜鳥倉庫統壹發貨，節省了物流時間，提高了物流效率。