昆明制藥集團，前身是昆明制藥廠，現在是壹家龐大的國有控股企業，現在下轄的昆明制藥，貝克諾頓制藥，昆明中藥廠也都是著名的制藥公司。其中昆明貝克諾頓只要是昆明制藥與美國ivax合資組建的制藥企業。也是雲南首家中美合資制藥企業。
雲南醫藥工業股份有限公司也是國有控股，旗下有兩家全資子公司：雲南植物藥業股份有限公司和昆明振華制藥有限公司；及壹家參股公司：昆明積大制藥有限公司。這三家都是雲南著名的制藥企業，其中昆明積大制藥有限公司是香港積華藥業與雲南醫藥工業股份有限公司合資組建的。
昆明賽諾制藥也是國有企業改制，同樣是很著名的制藥企業。
昆明滇虹藥業，中美合資制藥企業的典範。
雲南綠A生物制藥有限公司，算民營的典範吧，這些都是比較大比較著名的。其他的還有盤龍雲海，龍潤，昊邦等等太多了，說都說不過來的