協助局領導組織協調政務工作；制定機關工作計劃、工作總結和內部管理制度並監督實施；負責文電處理、會議組織、政務公開、政務信息和檔案管理；負責NPC代表建議和CPPCC委員提案的分解落實；負責機關的保密、保衛、安全、接待和後勤服務工作；負責本系統的勞動人事管理。
(2)財務科
負責本系統的財務工作；負責固定資產的登記，定期參與固定資產的清理工作。
(3)法律教育組
負責環境法制宣傳教育；負責創建綠色社區和學校；負責環境新聞報道；負責行政處罰審查、行政復議和應訴工作；負責監督檢查環境保護法律法規和行政執法責任制的執行情況；負責本局的法制建設工作；負責企業環境行為信息的公示。
(4)環境影響評價部分
組織全市重大經濟技術政策、發展規劃和重大經濟發展計劃的環境影響評價；負責工業建設項目環境影響評價文件的審批；負責並配合查處未經批準的工業建設項目。
⑸行政事務科
負責非工業建設項目環境影響評價文件的審批；負責並配合查處非工業建設項目的違規建設；負責夜間施工作業許可、核輻射項目和固體廢物轉移的審批；承辦排汙許可證的辦理；建設項目環保審批受理、建設項目試生產申請受理和建設項目環保竣工驗收申請受理；已批準項目紅線圖的批準。
(6)汙染預防科
組織全市水環境保護工作；制定太湖流域水汙染防治工作計劃；負責汙染源限期治理；負責組織、鞏固和創建國家環境保護模範城市；負責簽發各種環保證書；負責審批汙染治理補貼資金的使用申請；負責重大汙染事故的通報和聯絡；負責環境信息的發布，組織編寫環境質量報告和環境狀況公報。
㈦固體廢物管理科
負責固體廢物的監督管理；負責危險廢物的全過程環境管理和監督；負責審核固體廢物、有毒化學品的處置和轉移，監督防治機動車排放；負責固體廢物汙染事故的調查及相關舉報、信訪、調查和調解工作。
(8)核與輻射安全監督科
負責轄區內放射性同位素和射線裝置使用單位的日常監管；管理全市電磁輻射和放射性廢物的處置；配合有關部門對電磁輻射源、放射源、核材料或者核設施的環境安全進行監督管理；參與核汙染事故的應急響應和調查。
(9)生態規劃科
編制環境保護發展規劃和年度計劃，參與編制全市可持續發展規劃；負責鞏固生態示範區和生態城市成果，推進生態文明城市建設；指導生態農業建設；負責農村生態環境保護和城市環境綜合整治；管理生物技術的環境安全；負責汙染治理專項資金、防治資金和汙染治理補助資金；負責市長環境保護目標責任書和督查工作。
(10)汙染物排放總量控制斷面
負責全市審批權限內建設項目“三同時”的驗收；負責汙染物總量減排；負責全市環境統計和汙染源調查；負責排汙權的有償使用和交易。
(11)科技信息科
擬訂環境保護科技發展規劃和計劃；參與企業清潔生產審核和循環經濟的實施；負責ISO14000認證和環境標誌認證的資質管理；負責本部門局域網和網站的建設、維護和管理；負責數字環保建設工作；負責重點汙染源自動監控系統的建設和管理。