民辦非企業年報在電子稅務局報匯算企業所得稅。登記管理機關在年檢期間，可以根據情況，要求民辦非企業單位提交註冊會計師審計報告、其他補充說明材料及有關文件。登記管理機關可以要求有關人員說明情況，必要時進行實地檢查。
二、分析詳情
民辦非企業單位領取或從互聯網下載民辦非企業單位年檢報告書及其他有關材料民辦非企業單位於每年3月31日前向業務主管單位報送年檢材料，經業務主管單位出具初審意見後，於5月31日前報送登記管理機關。登記管理機關審查年檢材料。登記管理機關作出年檢結論，發布年檢結論公告。第五條民辦非企業單位接受年檢時，應當提交下列材料。已填具的民辦非企業單位年檢報告書。民辦非企業單位登記證副本。財務會計報告。其他需要提交的有關材料。已經取得執業許可證的民辦非企業單位，應當提交執業許可證副本。
三、民辦非企業單位是否要在工商部門登記
工商部門和縣級以上地方各級人民政府民政部門是本級人民政府的民辦非企業單位登記管理機關，即民政部門為民辦非企業的登記部門。國家機構以外的社會組織或者個人可以單獨或者聯合舉辦民辦學校。聯合舉辦民辦學校的，應當簽訂聯合辦學協議，明確辦學宗旨、培養目標以及各方的出資數額、方式和權利、義務等。