現階段存在的問題主要有：
認識問題
認識是第壹位的，沒有認識提高就不可能產生行動上的積極性，當然也就不可能取得較好的效果，不少人沒有認識到信息系統能把企業管理得井井有條，可以為領導提出很有價值的輔助決策信息，而且在速度和準確方面比人做得更好。
高層對企業信息化的認識不夠正確和充分
有些條件較好的企業滿足於眼前的狀況，認為不提高信息化建設，企業照樣能搞好，因此，對企業的信息化建設重視程度不夠。有些企業的高層領導在企業信息化初期，對信息技術抱較高期望，希望通過企業信息化獲得較高效益，結果壹旦看到投資費用增多，而效益又未見明顯提高便喪失信心。高層領導不能用長遠眼光來看待問題，急功近利，不利於信息化建設的繼續發展。
壹部分管理人員在長期的管理實踐中有豐富的經驗，他們往往看重自己的主觀認識，抱殘守缺，不願意主動分析吸收新的管理方法和先進的管理手段，信息化對他們的地位構成巨大的威脅；積極倡導者由於傳統習慣思維，繼續沿用過時的管理思想或過時的管理手段，需要學習的不是簡單的操作方法，而是獲得分析、決策信息的管理理念；專業技術人員正由於現代技術的不斷增長的復雜性變得越來越狹窄，面對在總體上缺乏協調和相互聯系，系統在宏觀上處於支離破碎的局面而影響了總體效益的現實，技術人員處於多種制約和局限性中不能自拔。
在組織的戰略制訂中產生兩個極端：將信息系統視為組織的戰略目標；將信息系統獨立於組織戰略之外。
壹方面，組織錯誤地將信息系統看成組織的戰略目標。於是大量的時間、精力、對策花在如何使這壹“目標”的大致完備，信息的投入變本文來源於文秘知音網站得越來越龐大，而組織並未獲得實現公司戰略要求的在保持規模和效益的前提下應對未來挑戰的靈活性和快速反應能力，甚至於壹些公司陷入了經營困境。
另壹方面,信息系統的應用與組織的管理戰略之間出現諸多不協調的發展,產生單項應用多,而缺乏整體效益。雖然在計算機管理信息系統開發和應用實施方面作了大量工作,花費了大量的資金,在單項應用上取得了壹定成效,但沒有產生應有的經濟效益，相反地構築了無數個“信息孤島”,沒有實現信息的交流和***享,產生的卻是巨大的負效益,使組織承受高額的風險代價。
實際上,從管理的角度來看,信息技術的應用應該是用來滿足管理的需要,信息技術也將提高管理水平；從技術角度看,管理要納入信息系統的規範運作,先進的管理思想不斷融入信息系統中。
中小企業信息化在實施中充滿艱辛
實施壹套信息系統是壹項涉及面廣、周期長、風險大的系統工程。中小企業要實施信息化,同樣要投入大量的人力、物力和財力,要引進和留住高級IT人才很困難,不易具備建立企業信息系統項目組的條件,缺乏完備的項目管理體制和運作機制,沒有管理顧問對項目進行監理,這些都是影響項目成功的關鍵。
信息技術的低層次應用和不飽和應用
企業因為某壹方面的應用需要而購買壹套功能無所不包的信息系統,但由於自身的使用水平跟不上信息技術的發展,信息系統的功能還未得到利用。這種情況有時並不是因為企業的盲目購買,而可能是因為供企業挑選的余地不大,或是企業出於前瞻性考慮。問題則在於任何那些未被使用的功能都處於快速貶值狀態或已經成為沈沒成本。
企業信息化過程中的管理重組落後
信息化建設的實質是為了提高企業競爭力而進行的更高層次上的管理重組,我國大多數企業投入較多資金進行信息化建設,更多的是註重設備上的投資和技術上的更新,而忽視了與此相應的管理模式方式上的轉變,因而,並未取得投資回報，甚至出現負效益，這是企業信息化建設不成功的壹個主要原因。
信息資源基礎不能適應建設需要
有的企業信息資源基礎不統壹、不壹致。信息采集渠道較單壹，缺少靈活性，使得信息來源不夠全面，傳輸渠道不夠暢通，更難以對采集的信息加工處理，使得資源潛力無法充分發揮。
機遇與挑戰並存
在實行以信息化帶動工業化，實現生產力的跨越式的發展進程中，信息技術壹方面減少企業的勞動力和管理等成本，為小企業與大企業開展競爭創造了環境和條件，另壹方面也加強了企業的技術和資本成本特征，使信息技術成為企業競爭的新的壁壘。
加快企業信息化建設的對策
信息化應用應納入整個組織的戰略範疇，將管理學的研究方法、理論及其成果應用於信息系統，結合組織管理文化及思維方式，在組織管理信息化的應用中，從組織的戰略管理、組織管理和資源應用方面來推進信息化的實施。
其中，經濟、管理是企業信息化的基礎，人才是企業信息化的關鍵。當前以及長遠的任務是普及企業信息化意識，提高企業信息化水平，培育企業信息人才。
企業信息化建設需要政府的支持和企業自身的努力。政府是推動企業信息化建設的"助能器"，企業則是加速企業信息化建設的動力源，只有二者合力才能更快、更好地推進企業信息化建設。
積極營造企業信息化建設良好的外部環境
發達國家經驗證明：政府的支持、鼓勵和引導在企業信息化建設中至關重要。政府對信息化建設環境的改進和完善包括網絡基礎設施建設、配套體系的建立和完善，網絡安全以及制定法律法規等，從而為企業信息化建設營造壹個良好的環境，並提供長期的優質服務。
推進網絡基礎設施建設
計算機網絡基礎設施是推進企業信息化建設的前提。網絡基礎設施建設主要包括各種信息傳輸網絡建設、信息傳輸設備研制、信息技術開發等設施建設。在充分利用現有資源的基礎上，政府要加大資金投入，建設壹個寬帶、高速、大容量、高水平的國家信息主幹網，逐步消除部門間、地區間的網絡分割壁壘、資源壟斷和體制性障礙。
加強和完善安全認證體系
解決網上購物、交易和結算中的安全問題是企業信息化建設和開展電子商務的關鍵。制定和完善安全認證體系，以確保網上交易合同的有效性，防止系統故障、計算機病毒和"黑客"攻擊，確保交易內容、交易雙方賬號及密碼的安全。
建立網上協同作業體系
網上協同作業體系建設的快慢直接影響著企業信息化建設的進程，因此為保證電子商務的效率和效能充分發揮，信息流、資金流、物流的協調統壹，應加快建立網上銀行、網上稅務、網上商檢、網上認證、網上運輸體系、配送系統等電子商務配套體系，實現物流現代化。
建立健全法律法規體系
完備的法律法規是企業信息化和電子商務運行的保證。政府應制定和頒布的內容包括：電子合同的有效性、有效的電子文件的規範、電子簽名的合法性和其他身份辨認程序、知識產權的保護、商標權、企業和個人隱私的保護等法律法規，以保證電子交易雙方能按照***同的規則進行交易。
切實建設企業內部良好的信息化運作機制
在企業信息化建設中,企業應當花大力氣,針對面臨的困難和存在的問題,制定相應的措施,來推動企業信息化建設。
提高認識，加強壹把手工程
企業領導者應先充分認識到：企業信息化建設是對管理模式、組織結構、思維方式進行的壹場"自上而下"的創新和變革。經驗和實踐表明：領導的主持和參與是信息化建設取得成功的首要條件，是企業信息化起步與成功的關鍵。
做好並建立企業信息化決策管理機構
企業信息化建設是壹個長期連續不斷改進的過程，因此應建立壹個由管理專家、規劃專家、系統分析員、運籌專家、計算機專家等成員組成的決策管理機構。在項目決策時，由該機構會同有關部門進行詳細的調研、論證，分析需求，明確目標，細心聽取多方意見，從而增加決策透明度，提高決策的科學性和民主性。
做好信息化建設準備工作，落實企業信息化建設資金
80%的企業認為資金投入不足是制約企業信息化的首要因素，並且企業信息化是壹項投資很大的綜合性工程，因此，在進行企業信息化建設時，必須對其進行包括技術、經濟、財務等諸多方面的可行性研究，做出詳細的投資預算，設立企業信息化建設基金，實施多渠道、全方位的融資，使資金落實到位，這樣才能保證企業信息化的順利實施。
建立壹支自己的高素質的信息技術隊伍
人才是關鍵，企業信息化需要壹支既懂技術，又懂管理，知識結構合理、技術過硬的"復合型"信息技術人才隊伍，這就要求企業通過加強人才培訓，技術交流與合作等方式來造就壹大批精通專業知識，具有強烈的創新精神和實踐能力的高層專門人才，來推動企業內部信息化建設。
紮實認真做好信息資源的基礎管理工作
企業信息化的實施需要足夠的基礎支持，企業就必須強化基礎管理工作，包括財務管理、倉庫管理、質量管理、生產管理，計量管理等，做到數據準確、完備、客觀、及時。
面對新形勢，從實際出發，采用新技術和新服務
利用ASP
應用服務公***供應商ASP的興起為中小企業加強信息化，提升自身的管理和運營等素質提供了契機，被認為是中小企業在新經濟時代低成本參與競爭的最佳途徑。
企業如租用ASP提供的優質服務，既不需要投資基礎設施，也不需要開發與維護應用軟件，這樣，同利用中介的專業化優勢解決信息的非對稱問題壹樣，企業結合價值鏈的外包，就可以大幅度削減中小企業在IT方面的工資支出及升級維護費用，而把精力集中在核心業務上，快速進入市場。
發展ERP
企業資源計劃系統ERP融合了現代化信息技術的先進管理思想和管理模式，能實現企業采購、制造、銷售、核算、服務等各個環節的整合，用統壹的標準和科學的統籌來促進企業內部的效率的提高，有效控制和降低企業的運作成本，準確地分析和制定企業發展方向。