(1)辦公室
制定本系統年度工作計劃和相關工作制度；起草和審核重要文稿；負責文電、機要、會議、檔案、督查、信訪、保密、密碼等工作；承辦稅務宣傳、新聞發布、政務公開和政府信息公開工作；承擔網站的運行和維護；組織稅收科學研究和學術交流；辦理NPC代表和CPPCC委員建議的有關事宜。
(2)政策法規司
組織實施綜合稅收政策；承擔本機關相關規範性文件的合法性審核；承辦局外綜合性稅收政策文件工作；承辦重大稅務案件的審理；辦理行政復議、賠償案件和行政訴訟案件；組織對稅收法律法規、部門規章和規範性文件實施情況的監督檢查，承擔稅收執法質量評估；配合財政、審計等部門對稅務部門進行監督和審計。
(3)商品和服務稅辦公室
組織實施增值稅、消費稅、營業稅和車輛購置稅的征收管理，制定具體的征收管理實施辦法；解釋和處理與稅務相關的具體業務問題；組織實施相關稅種的納稅評估和稅源管理；管理增值稅專用發票；指導相關稅收的日常管理和檢查；參與與稅收有關的納稅輔導、咨詢服務和稅收法律救濟工作。
(4)所得稅管理辦公室
組織實施企業所得稅、儲蓄存款利息所得稅和法律法規規定的基金(費)的征收管理，制定具體的征收管理實施辦法；解釋和處理與所得稅相關的具體業務問題；組織實施納稅評估、稅源管理、稅基管理、匯算清繳等措施；指導所得稅相關稅種的日常管理和檢查；參與與稅收有關的納稅輔導、咨詢服務和稅收法律救濟工作。
(5)大型企業和國際稅務管理
負責大型企業稅務風險監測預警、稅源調查分析、重要復雜事項管理；調查核實重點監管大型企業納稅申報情況，進行全面納稅評估、審計、日常檢查等。，開展大企業個性化服務，幫助大企業建立稅務風險控制機制；與大企業建立直接渠道，協調和響應企業的相應訴求。
承辦有關稅收法律法規和國(地區)間稅收協定、安排的實施；組織、實施和檢查跨國稅源管理；組織實施特別納稅調整工作，解釋和處理具體業務問題；組織實施非居民企業所得稅政策和征管制度，辦理國(境)外相關稅務事宜；組織實施“走出去”企業的服務管理。
與直屬稅務局合署辦公，兩塊牌子壹個班子。
(6)進出口稅收管理辦公室
組織實施進出口貿易稅收管理，制定稅收管理的具體實施辦法；承辦出口貨物退(免)稅的審批和年終清算；組織對進出口稅收政策執行情況的日常監督檢查；配合相關部門開展反騙稅工作。
加上第三稅務分局的牌子。
(7)征收管理辦公室
組織實施綜合稅收征管法律法規、部門規章和規範性文件，制定具體操作辦法；組織實施綜合納稅評估方法，承擔稅收征管質量評估、風險管理和稅收征管因素分析；承擔稅務登記、納稅申報、普通發票管理、稅控裝置推廣應用等相關工作。組織實施個體和集貿市場稅收征管、稅收管理員制度。
(8)財務室
牽頭編制年度稅收計劃、出口退(免)稅計劃，下達年度免(免)稅轉移計劃；監督檢查納稅和退稅情況；開展稅收分析預測、稅收能力測算、重點稅源監控和企業稅收數據調查；承擔稅務會計、統計核算、稅收票證管理等相關工作；承擔稅收數據的綜合管理和應用。
(9)財務管理辦公室
組織實施會計核算基本規範，分析評估稅收成本；組織實施國庫集中支付，辦理具體支付事項；承擔本系統的基本建設、資產管理、政府采購和著裝管理；組織實施財務管理、基本建設項目、大宗貨物采購審計和領導幹部經濟責任審計。
(10)人事部
組織實施幹部人事管理制度；承辦機構設置、幹部任免、人事調配、勞動工資、人事檔案、公務員管理、專業技術職務管理等人事工作；承擔對下壹級領導班子和領導後備幹部的管理、考核和監督；監督檢查本系統幹部人事規章制度的執行情況；擬定年度檢查工作計劃，組織檢查工作；管理機關和系統的外事工作。
離退休幹部辦公室(副廳級，隸屬人事教育司)。負責離退休幹部的管理和服務工作，指導本系統離退休幹部的管理和服務工作。
(11)教育部門
組織實施本系統的思想政治工作、精神文明建設、稅收文化建設和基層建設；制定並組織實施人才培養、學歷教育工作規劃和年度計劃，開展培養質量考核和評估；指導系統的黨建工作。
機關黨委辦公室負責機關及直屬單位的黨群工作；承擔機關的思想政治工作和精神文明建設；承擔入黨積極分子和黨員發展的教育、培訓和考察工作；承擔政府工會、* *團委、婦委會工作。
機關黨委辦公室和教育部門合署辦公，兩塊牌子，壹套班子。
(12)監察室
組織實施紀律檢查和行政監察制度，制定具體實施辦法；監督檢查下級領導班子及其成員執行民主集中制、選拔任用幹部、落實黨風廉政建設責任制和勤政廉政建設的情況；組織協調本系統黨風廉政建設和反腐敗工作；受理對本系統工作人員違法違紀行為的舉報、投訴和相關申訴；查處本系統工作人員的違法違紀案件和其他重要案件；開展執法監督和整改工作。
(13)辦稅服務廳
組織、協調、指導本系統各部門、各稅種、各環節的納稅服務工作；組織實施納稅服務工作規範和操作規程；組織實施保護納稅人權益的規章制度和規範性文件；組織協調實施納稅輔導、咨詢服務、稅收法律救濟等工作，受理納稅人投訴；指導稅務糾紛的調解；負責12366熱線、網站納稅服務專欄、短信系統的運營管理。(1)稽查局，級別為副處級。
組織實施稅務檢查法律法規、部門規章和規範性文件，制定具體實施辦法；組織協調稅收違法案件的調查、審理和執行；受理稅收違法案件的舉報；協調公安、檢察、審判機關辦理稅務檢查；承擔金稅工程發票調查工作；牽頭組織稅收專項檢查。
(2)車購稅征收管理分局，科級。
正科級，組織實施車輛購置稅征收管理的規章制度和規範性文件；承擔車輛購置稅的稅源管理、納稅評估、日常稽查和納稅服務；承擔車輛稅收的綜合管理工作；就各類車輛的最低應課稅價值提出建議；管理車輛購置稅票。
(3)直屬稅務局，級別為正科級。
非全功能分局。與大型企業和國際稅務管理辦公室合署辦公，兩個品牌，壹個團隊。南通市國家稅務局機構級別為鄭可，具體設置如下:
(1)信息中心
落實稅收管理信息化建設規劃和實施方案，落實信息系統管理制度和技術標準；承擔本系統信息化建設的技術支持和保障；承擔稅收管理信息系統的運行和維護；組織本系統的信息安全管理和實施。
(2)代理服務中心
承擔代理後勤事務的管理、保障和服務，制定代理事務的具體工作制度並組織實施；負責辦公用品的采購、儲存、分發和維護；參與機構後勤系統的改革；指導本系統的物流服務。
(3)票務中心
承擔稅務憑證、增值稅專用發票和普通發票的管理工作。南通市國家稅務局機關級別為正科級，具體設置如下:
(1)第壹稅務分局
非全功能分局。
(2)第二稅務局
非全功能分局。江蘇省南通經濟技術開發區國家稅務局，級別為副處級。