以山東省莒南縣為例，於2016年10月8日上線運行金稅三期優化版征管系統。
首次使用可以下載“電子辦稅服務廳壹鍵設置工具”，安裝時註意關閉所有瀏覽器。如果已下載壹鍵設置初始面頁面仍提示重新下載，可以添加信任域，打開瀏覽器選擇工具—Internet選項—安全—可信站點—站點，輸入地址wsbs.sdds.gov.cn，點擊添加，去掉“對該區域內的所有站點要求服務器驗證”的勾選狀態，點擊關閉—應用—確定，重啟瀏覽器即可。初始化設置完成後，可以進入網上辦稅平臺輸入賬號和密碼，新用戶先用稅號註冊。
登錄山東省地方稅務局外網，點擊主頁面中部的“資料下載”，在“個人所得稅資料”欄目下載學習資料和安裝軟件。安裝完畢後，點擊“立即體驗”按鈕，輸入納稅識別號，獲取辦稅信息、備案辦稅人員信息，設置登錄密碼。
點擊主頁面左側“報表填寫”功能，然後點擊平臺頁面有“未申報”的報表填寫申報表。壹般填寫《城建稅、教育費附加、地方教育附加稅(費)申報表》、《扣繳個人所得稅申報表》、《印花稅納稅申報表》，通過添加或導入模板方式，填寫收入額、扣除額及減除額等信息，自動計算出稅款。根據納稅實際情況添加所填申報表。為節約時間，可以先向政務大廳辦稅人員申請《扣繳個人所得稅申報表》和《印花稅納稅申報表》為季度申請表，每季度下月15日前申報壹次，《城建稅、教育費附加、地方教育附加稅(費)申報表》每月15日前必須申報，遇法定節假日相應順延。
二、國稅報稅流程
每年年初向政務大廳國稅局窗口交合作社項目和申請書申請所得稅減免，可以申請季報，以減少報稅次數。每季度後壹月15日前登錄山東省國家稅務局門戶網站，完成財務報表申報後，打開增值稅申報模塊填寫《增值稅納稅申報表》(適用於增值稅小規模納稅人)(季度)、報《不征稅收入和稅基類減免應納稅所得額明細表》、《資產負債表》、《現金流量表月報》、《企業所得稅季度預繳納稅申報表》(A類，2015年版)、《增減免所得稅額明細表》、《利潤表月報》，填好表保存，風險審核後確認申報。
稍後再次登錄平臺可查看申報狀態，首頁顯示“申報成功”即表示完成了本期申報。每年5月申報上壹年度合作社所得稅年度申報，登錄辦稅平臺後先填寫財務報表，保存後點擊確認申報。
然後填寫《企業基礎信息表》、《企業所得稅年度納稅申報表》(A類)、《壹般企業收入明細表》、《壹般企業成本支出明細表》、《期間費用明細表》、《納稅調整項目明細表》，保存後風險審核點擊確認申報。
稍後再次登錄平臺可查看申報狀態，首頁顯示“申報成功”即表示完成了本期申報。
另外，如果合作社需要開增值稅普通發票，可到有關業務點購買金稅盤，帶發票專用章和其他公章在大廳國稅窗口認證後購買發票。最好三證合壹後再刻發票專用章，以免重復刻章。切記不要虛開發票和多開發票，虛開稅款數額人民幣50萬元以上即屬於“虛開的稅款數額巨大”，量刑在10年以上有期徒刑或者無期徒刑，並處5萬元以上50萬元以下罰金或者沒收財產。