1、登記納稅人：農業公司應當在工商行政管理部門進行登記，並向當地稅務部門申請納稅人登記。
2、了解稅種：農業公司需要了解自己應當繳納的稅種，如增值稅、企業所得稅、個人所得稅等，以及稅率和繳稅周期等相關信息。
3、繳納稅款：根據當地稅務部門要求，農業公司需按照規定時間和方式繳納稅款，可以通過線上或線下方式繳納稅款。
4、報稅申報：農業公司應當按照規定時間向當地稅務部門進行報稅申報，報稅申報內容包括納稅人的納稅情況、稅種、稅率、繳納金額等相關信息。
5、稅務審計：當地稅務部門有權對納稅人進行稅務審計，如發現農業公司存在未繳稅款等問題，將會接受相應的稅務處罰。
公司繳稅需要的資料如下：
1、公司登記證明：包括工商營業執照、稅務登記證等證件。
2、財務會計資料：包括會計賬冊、財務報表等。
3、員工信息：包括員工的社會保險、個人所得稅等納稅信息。
4、合同協議：包括公司與客戶、供應商等簽訂的合同、協議等。
5、購銷票據：包括增值稅發票、收據等票據。
6、稅控設備：企業需要購買稅控設備，包括稅控盤、稅控發票印章等。
7、納稅申報表：企業需要按照規定填寫納稅申報表，包括增值稅納稅申報表、企業所得稅納稅申報表等。
綜上所述，農業公司的稅務管理需要嚴格按照國家稅收法規和當地稅務部門的要求進行，避免出現納稅不足或逃稅等問題，以免受到稅務部門的處罰。
法律依據：
《中華人民***和國企業所得稅稅前扣除辦法》 第九條
納稅人必須將經營活動中發生的成本合理劃分為直接成本和間接成本。直接成本是可直接計入有關成本計算對象或勞務的經營成本中的直接材料、直接人工等。間接成本是指多個部門為同壹成本對象提供服務的***同成本，或者同壹種投入可以制造、提供兩種或兩種以上的產品或勞務的聯合成本。
直接成本可根據有關會計憑證、記錄直接計入有關成本計算對象或勞務的經營成本中。間接成本必須根據與成本計算對象之間的因果關系、成本計算對象的產量等，以合理的方法分配計入有關成本計算對象中。