1，咨詢備案，受理報名；
2、省國防科工辦向申請保密資格的單位了解具體情況；
3.省市保密局提供具體指導；
4、成立保密委員會、保密辦公室、保密小組，劃分要害部門和保密人員；
5.審查涉密人員。
企業保密資格管理制度:
1、保密責任制:企業要建立保密責任制，明確各級保密責任人的職責和權限；
2.保密教育和培訓:定期對員工進行保密知識的教育和培訓，提高員工的保密意識；
3.保密協議:與員工簽訂保密協議，明確保密義務和違約責任；
4.保密審查:審查涉及機密信息的文件和資料，確保不被泄露；
5.物理安全措施:采取物理隔離、密封等措施，防止機密信息泄露；
6.技術安全措施:使用加密技術、訪問控制等技術手段保護信息安全；
7.安全檢查:定期或不定期進行安全檢查，發現問題及時整改。
總結壹下，辦理企業保密資格的流程包括咨詢備案、受理登記、省國防科工辦了解具體情況、省市保密局提供具體指導、成立保密委員會、保密辦公室、保密組、劃分涉密重點部門和人員、審查涉密人員。
法律依據:
中華人民共和國保守國家秘密法
第二十三條
存儲和處理國家秘密的計算機信息系統(以下簡稱涉密信息系統)，應當根據涉密程度實行不同等級的保護。
保密信息系統應當配備符合國家安全標準的安全設施和設備。安全設施設備應當與涉密信息系統同步規劃、同步建設、同步運行。
保密信息系統應按規定檢驗合格後，方可投入使用。