根據規定，各省、自治區、直轄市、計劃單列市、新疆生產建設兵團、副省級城市的商務主管部門，以及自由貿易試驗區、國家級經濟技術開發區的相關機構是外商投資企業設立及變更的備案機構，負責本區域內外商投資企業設立及變更的備案管理工作。備案機構通過外商投資綜合管理信息系統（以下簡稱綜合管理系統）開展備案工作。
設立外商投資企業，屬於本辦法規定的備案範圍的，全體投資者（或外商投資股份有限公司董事會）指定的代表或***同委托的代理人在向工商和市場監督管理部門辦理設立登記時，應壹並在線報送外商投資企業設立備案信息。
由於並購、吸收合並等方式，非外商投資企業轉變為外商投資企業，屬於本辦法規定的備案範圍的，在向工商和市場監督管理部門辦理變更登記時，應壹並在線報送外商投資企業設立備案信息。備案機構自取得工商和市場監督管理部門推送的備案信息時，開始辦理備案手續，並應同時告知投資者。
1、備案機構發現外商投資企業或其投資者填報的信息形式上不完整、不準確，或需要其對經營範圍作出進壹步說明的，應壹次性在線告知其在15個工作日內在線補充提交相關信息。提交補充信息的時間不計入備案機構的備案時限。如外商投資企業或其投資者未能在15個工作日內補齊相關信息，備案機構將在線告知外商投資企業或其投資者未完成備案。外商投資企業或其投資者應於5個工作日內就同壹設立或變更事項向備案機構另行申請補充備案信息。
2、 備案機構應通過綜合管理系統發布備案結果，外商投資企業或其投資者可在綜合管理系統中查詢備案結果信息。
3、備案完成後，外商投資企業或其投資者可憑外商投資企業營業執照（復印件）向備案機構領取《外商投資企業設立備案回執》或《外商投資企業變更備案回執》。