根據企業的管理模式和要求、合同數量的多寡、內部審計機構資源等的不同，合同管理審計可以采取項目管理式審計和過程參與式審計兩種模式。
(壹)項目管理式審計
項目管理式審計主要審查合同的管理是否規範、有效，其主要內容包括四個方面：
壹是合同管理機構或管理網絡的審查。企業的合同管理應首先建立健全管理機構或管理網絡，審計時應著重審計企業合同管理機構或管理網絡的設置是否合理；各機構之間的分工和職責是否明確，上下左右關系是否協調；組織最高領導層與合同管理機構及各個機構之間、各機構相互之間的信息交流是否充分；合同管理流轉是否科學、有效；相互之間的控制是否有效；合同的履行是否受到定期檢查等合同。 二是管理人員素質的審查。企業合同管理人員的素質關系到企業合同管理工作的優劣，必須重視對合同管理人員素質的審查。首先應審查合同管理人員是否具備專業知識；其次應審查合同管理人員是否熟悉企業的內部運作流程和外部信息。此外，還應審查其是否具有較強的組織能力和協調能力，敏捷的洞察、分析能力，嚴密的邏輯思維能力，較強的責任心等。 三是合同管理制度的審查。首先審查合同管理制度是否健全，尤其是壹些重要的合同管理制度是否是根據企業實際而制定，包括：合同歸口管理和分類專項管理制度、合同示範文本制度、合同授權委托制度、合同的審查制度或審計審簽制度、合同的鑒證、公證制度、合同專用章管理制度、合同臺賬制度、合同檔案制度、市場調研制度、大件大宗企業采購(包括物資、服務、工程等)或資產處置的制度。在對合同管理制度的健全性進行測試和評價後，還應對這些制度的執行情況進行檢查。 四是合同執行結果和管理效果的審查。主要審查合同內容是否得到全面、嚴格地履行；審查有無合同違約、違約的原因及違約處理結果，如對方違約，是否及時組織索賠；如本方違約，責任人是否向分管領導提交書面報告，經審批後辦理賠償手續，並追究相關責任；協商不成的合同糾紛是否及時上報上級領導和法律部門，通過申請仲裁或向人民法院起訴解決合同糾紛。另外，還要審查合同管理效果是否達到合法、規範、效率、效益的要求。(二)過程參與式審計
過程參與式審計是由專職內部審計人員對企業內部所簽合同進行審計審簽，參與監督合同管理的部分重要過程，實現合同審計審簽的日常化。其審計的主要內容包括以下幾方面：
壹是審“該不該簽”，即對合同項目的可行性審查和效益性審查。應該檢查合同項目是否列入年度計劃，或經組織內有批準權的部門或領導批準；檢查合同項目是否經過可行性研究或項目評估，其技術性、經濟性是否達到了先進、合理；檢查與立項有關的文件資料的真實性、可靠性；檢查合同標的數量是否適當，企業的生產、經營能力是否能滿足對方的要求，或者合同標的數量是否能滿足企業的生產、經營的需求；檢查合同履行時間是否充分考慮了企業的實際生產經營能力或實際需要。 二是審“跟誰簽”和“以什麽樣的價格簽”，即對合同簽約主體的選擇和合同價格選擇的合理性、適當性進行的審查。首先，對合同經辦部門是否進行市場調研，是否采用了壹定的合理方式確定合同主體和合同價格進行審查。其次，應對合同簽約主體的合法性進行審查。當事人在訂立合同時必須具有相應的民事行為能力。 三是審“怎麽簽”，即對合同的形式、文本格式和合同條款進行審查。按照民法壹般原則，合同屬於不要式行為。審查時，首先註意合同形式是否符合法律、行政法規等規定。其次應審查合同文本的規範性。簽訂合同應當盡可能使用國家推行的示範文本，以保證合同條款的完備。對企業有特殊要求的，示範文本不能滿足的，企業可以自行制定合同文本，但應向工商行政管理部門辦理審批備案手續。對其他沒有示範文本的，采用手寫或微機打印的合同，要特別註意壹式多份合同條款的壹致性，防止被他人篡改內容，引起合同糾紛。在審查合同形式的合法性和文本格式的規範性後，要重點對合同條款的完備性進行審查。《合同法》規定，合同的內容由當事人約定，壹般包括以下條款：當事人的名稱或者姓名和住所；標的；數量；質量；價款或者報酬；履行期限、地點和方式；違約責任；解決爭議的方法。因此，審計人員應當按照合同的性質，依據相應的法律、法規對合同條款進行認真審查，確定合同主要條款有無遺漏，各條款內容是否具體、明確、切實可行，避免因合同條款不全或過於簡單、抽象、原則，給合同履行帶來困難。