績效審計在壹個國家和地區受重視的程度，意味著這個國家或地區審計發展水平的高低。受傳統思想的影響，很多人對績效審計漠不關心，對什麽是績效審計、績效審計審什麽、如何審?壹無所知，有的人認為績效審計就是資本主義的東西，不適合咱們國家的經濟發展狀況。甚至還有的人認為，目前我國根本不具備進行績效審計的條件，沒有能力開展績效審計。因為國內大部分人對績效審計知之甚少，壓根就不知道開展績效審計對國家、企業的意義何在?因此，在壹定程度上阻礙了績效審計的發展。
2、審計法律法規制度不完善
1994 年頒布的《審計法》明確規定：“審計機關對國家憲法、法律法規範圍的財政財務收支的效益性進行審計監督的職責。”2006年修訂後的審計法、財政部、國資委等部門印發的《國有資本金績效評價規則》、《中央企業綜合績效評價管理暫行辦法》，以及 2010年修訂的《中華人民***和國審計法實施條例》，明確確定了國有企業績效審計評價的內容，包括：企業盈利狀況、債務狀況、資產狀況和可持續發展狀況等。這些文件的出臺，為績效審計工作的深入開展、規範企業績效評價行為提供了有利條件。但是未專門提到國企績效審計方面的具體問題，截至目前，各級國家審計機關對於國企績效審計到底審什麽、怎樣審、如何衡量、審出什麽問題等都尚不明確，急需壹個全面、完整和系統的國企績效審計的法律法規體系。
3、績效審計仍偏重於對財務相關指標的審計和分析
從目前國有企業績效審計的實踐來看，績效審計評價主要采用凈利潤率、資產負債率、資本保值增值率等常見的財務指標來評價國有企業的經營績效。很多國有企業對管理績效的評價尚未開始，即使已經開始，也主要從企業發展戰略的確立與執行、經營決策、基礎管理、人力資源、行業影響、社會貢獻等方面進行定性分析和評判。[3]顯然，這種做法已經無法滿足各方對受托經營的公***財產經營績效的了解需求。
4、績效審計的審計力量缺乏
壹方面，相比較而言隨著市場經濟的深入發展，國有企業經營戰略發生轉變，面臨的經營更加復雜，績效審計範圍拓寬、內容增多，審計層次提高，目前的審計機關隊伍難以勝任。另壹方面，績效審計的特性決定了其所涉及的事項，復雜、多學科知識交叉，需要審計人員進行大量的基礎性工作。這些工作技術含量高、專業化程度高，需要壹支對審計制度了解、熟悉審計政策並能夠運用信息化手段處理審計業務的專業化隊伍。