生物肥料登記證是農業部辦理的，農業部辦理的所有正式肥料登記證的格式是 農肥準字（XXXX）號，如：
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登記證號 企業名稱 產品通用名稱
1 農肥準字0047號 新疆匯通旱地龍腐植酸有限責任公司 土壤調理劑
2 農肥準字0046號 武漢洪山區鄂海應用技術研究所 含氨基酸水溶肥料
3 農肥準字0042號 包頭市大西北科技發展有限責任公司 微量元素水溶肥料
4 農肥準字0041號 常州市永豐生物活力素廠 微量元素水溶肥料
5 農肥準字0040號 淮安市興農多元微肥廠 微量元素水溶肥料
6 農肥準字0037號 廣西壯族自治區化工研究院 大量元素水溶肥料
7 農肥準字0036號 江西省科學院生物保健品廠 微量元素水溶肥料
8 農肥準字0034號 北京世紀綠都生物技術有限責任公司 微量元素水溶肥料
9 農肥準字0033號 桂林花信植物組培苗有限公司 微量元素水溶肥料
10 農肥準字0032號 安徽省嶽西縣撞鐘化肥有限責任公司 微量元素水溶肥料
而非您所列出的 微生物肥（2006）準字（0298）號，這種格式是省土肥站辦理的肥料登記證的格式，省土肥站辦的肥料登記證只有四種：1、復混肥料登記證，2、有機-無機復混肥料登記證，3、有機肥料登記證，4、摻混肥料登記證。
如我公司在河南省土肥站辦的10個肥料登記證： 豫農肥（2008）準字001號， 豫農肥（2008）準字002號，豫農肥（2008）準字003號，豫農肥（2008）準字004號，豫農肥（2008）準字005號，豫農肥（2008）準字005號，豫農肥（2008）準字006號，豫農肥（2008）準字007號，豫農肥（2008）準字008號，豫農肥（2009）準字0529號，豫農肥（2009）準字0530號。
所以您所說的這個肥料登記證應是壹個有機肥料登記證，“微生物肥”四個字應當時企業自己編的，即將“豫農肥”改成了“微生物肥”，以普通的有機肥料登記證來冒充生物有機肥登記證。更嚴重的壹種情況就是，這個企業甚至連普通的有機肥料登記證也沒有，這個號純粹就是瞎編的。
以上回答希望能您有所幫助！