作為壹種特殊的中介形式，科技孵化器的基本任務是為在孵企業提供各種外部資源的服務。孵化企業對外部資源的需求壹般應包括:
1.創業支持:包括企業設立手續的服務和基本條件的提供；
2.咨詢培訓:包括政策、金融、稅務、人事管理咨詢及相應培訓；
3.要素資源服務:包括人才、技術、產品、資本、市場合作網絡的建立和有效服務；
4.信息服務:包括建立數字網絡平臺，提供在線培訓、展覽和電子商務服務。
孵化器要創新服務模式，引入社會力量為孵化器及其在孵企業提供服務，推進孵化服務社會化。孵化器要發揮自身優勢，對於自己不具備優勢的服務，要充分發揮和利用社會機構的力量引入專業服務；要探索有償服務的方式和方法，推動孵化器通過有償孵化服務提高服務質量和效率，讓在孵企業獲得水平和質量不斷提升的個性化孵化服務。
二、建立和完善科技孵化器科技服務平臺。
創業型企業普遍不具備購買大中型儀器設備和開發工具的能力，公共技術開發和技術服務平臺的缺乏成為制約創業型企業技術創新水平和創新能力提高的障礙之壹。
1.孵化器應將公共技術服務平臺的建立和完善納入孵化器基礎建設，逐步建立包括公共實驗室、中試車間、大型通用儀器和通用測試平臺在內的技術創新和孵化條件；
2.要加強產學研合作機制，通過周邊相關的科研單位和高校，建立制度化的技術支持網絡體系，幫助孵化企業解決相關技術問題；
3.要結合各地區產業技術資源優勢，大力發展各類專業孵化器，在建立生物、軟件、集成電路設計專業孵化器的基礎上，提供專業技術服務設施和條件。
第三，拓寬和改善融資渠道，努力填補市場空白。
資金短缺是許多企業面臨的突出問題。科技孵化器應根據科技型中小企業資金需求的特點，著力解決市場化融資中的“空白”和“瓶頸”。
1，充分發揮政府資助的作用。
壹是中央和地方的各類專項資金要把動力轉移到商業資本不敢或不願投入的領域，多壹些“及時救助”，少壹些“錦上添花”；二是要將現行的以激勵為主的資助方式轉變為以風險補償為主的資助方式，以政府資助作為引進和補償，通過降低社會資本進入風險，引導各類投資和金融機構加大對孵化企業的資金投入。
2.科技孵化器應該成為融資的“媒介”。
科技孵化器不僅要建立自己的孵化基金，還要在吸引外部資金方面發揮媒介作用。對於在孵企業，孵化器應根據企業發展情況，引導企業有效利用各種融資渠道；對於資金的供給，孵化器要通過自身良好的信譽和判斷能力，為投資人提供客觀的建議，從而促進和提高融資的成功率。
第四，建立多層次的科技孵化載體，提高孵化速度和成功率。
近年來，盡管科技孵化器的數量和面積每年都在急劇增加，但仍不能滿足需求。其中壹個重要原因就是企業的孵化期延長。另壹方面，如何衡量孵化成功也是實際操作中難以把握的尺度。筆者認為，具備孵化和畢業條件的企業，至少在資金方面要做到現金流相對穩定，具備規模化生產的財力和物力條件。事實上，大部分孵化企業至少需要3-5年才能達到這些條件。同時，隨著企業的成長，適合初創企業的孵化條件難以滿足成長型企業的需求。因此，需要根據企業成長的不同階段，建立多層次的孵化載體:
1.項目和企業的初級技術孵化——培育能夠獨立參與市場競爭的小企業；
2.加快小企業孵化——培育有競爭力、標準化的現代企業；
3.企業海外孵化--培育跨國經營的企業。
當前尤其需要建立和完善加速孵化和海外孵化兩個層面的孵化器工作，提高在孵企業參與競爭的適應性和生存能力。
五、明確功能定位，完善運行機制。
壹般來說，科技企業孵化器以培育科技企業和創業者為主要目標，同時也有促進高新技術產業發展和創造新的就業機會的使命。因此，孵化器有責任承擔公眾的利益。雖然目前存在壹些營利性的商業孵化器，但其運營模式決定了不可能完全取代相應的政策性(或非營利性)孵化器的功能，政策性孵化器將在相當長壹段時間內成為我國孵化器的主流形式。筆者認為，要辦好政策孵化器，需要正確處理以下幾個關系:
1.政府與孵化器的關系
政策孵化器對社會公共利益的責任本質上是政府管理職能的延伸，孵化器是獨立於政府的社會經濟組織。因此，政府應通過政策法規間接調控孵化器，實現管理職能；以政府投資為主體的政策孵化器，有責任傳遞政府的意圖，執行政府的政策法規。
2.政策功能與市場運作的關系。
政策孵化器在實現政策功能的同時，必須實現財務平衡。因此，政策孵化器必須運用市場化手段提高資源配置效率，通過市場化運作提高資源配置的有效性和合理性，約束自身提高服務質量。必須指出的是，追求過高的經營利潤會增加創業者的成本，大幅降低收費並不是真正有利於初創企業的成長
3.社會利益最大化與利潤最大化的關系
孵化器獲得經濟效益的目的不是體現投資回報，而是有利於孵化器的良性循環。因此，降低運營成本，保持較低的利潤水平，應該成為政策孵化器的基本經營理念。政策孵化器必須兼顧經濟效益和社會效益、短期利益和長期利益、局部利益和整體利益。
特別值得註意的是，目前壹些孵化器為了體現“形象”，在硬件建設上存在“奢侈”的傾向，這不僅不利於孵化器自身的健康發展，而且對初創企業也有諸多不利影響，因此，在保證初創企業能夠得到有效服務的前提下，實現孵化器自身的合理利潤將是公眾利益最大化的關鍵。
簡而言之，政策孵化器應該是以政府投資為主體，以社會公共利益為己任，市場化運作，財務平衡的社會經濟組織。