1、矩陣式組織與項目化運作
知識型企業內研發項目、解決方案營銷、大量的客戶定制方案設計與實施等都是通過項目組織形式實現的，因此矩陣組織模式運用非常普遍。這樣就帶來壹個問題，不斷有跨部門的項目組成立、撤銷，同時還存在某壹員工同時跨多個項目組的情形。
同時，知識型企業壹般成長迅速，加上要面對日益多變的外部環境、復雜的客戶需求，因此，組織結構、業務流程調整乃至組織整體變革的頻率很高。這些問題在傳統組織內都是不常見的。
矩陣組織和持續的組織調整必然要求人力資源管理與之同步，這就壹方面造成人資部門工作量大幅增加，另壹方面提高了工作復雜性，且對精細化要求更高；而不斷的組織調整又往往使人力資源管理各項職能也處於經常變動之中。
2、人員高流動性帶來的大量招聘需求
知識型企業員工，特別是核心員工是絕對的稀缺人才，因此競爭十分激烈；同時,由於知識員工具有較強的自我實現意識，更加忠於職業而不是企業，很多知識型企業員工流動率居高不下。據壹項調查顯示，北京市創新型企業人才惡性流動率超過20%。崗位空缺持續時間越長，對企業正常經營的影響越大、成本越高。
激烈的人才競爭和高企的人才流動給企業人力資源部門帶來了巨大的招聘壓力，同時,知識型企業對人崗匹配的要求越來越高。
3、績效管理表現出更高的復雜性
知識型企業普遍的項目化運作模式導致績效管理復雜性提高，對於壹個員工其所在部門負責人和項目團隊負責人都需對其不同方面進行評價，而且該員工還可能同時參與多個項目，手工操作實現難度很高，而且必然成本高昂。
同時，知識型員工的績效難以完全量化衡量，因此大量企業選擇目標管理的方式，註重上下級之間的就績效目標達成壹致，註重績效管理過程溝通與輔導，從而保證績效目標的達成。
很多知識型企業認為目標管理是適合其管理需求的，但在實踐中卻存在諸多問題：增加了直線管理者和員工的工作量，直線經理缺乏必要的管理技能，績效反饋難以實施，短期效果較好但難以長期堅持等等。這些問題在中國文化背景下顯得更為突出。
4、更關註員工能力開發與HRM的系統性
很多傳統企業的關註點集中在具體的人力資源管理職能模塊上，如薪酬發放；而知識型企業則在基本職能實現的基礎上，進壹步關註人力資源管理的系統性，尤其關註員工能力開發，因此也稱為“人才管理”。
很多企業建立起以能力為基礎的人力資源管理體系，簡單來說：明確崗位的任職資格或建立起素質模型，進壹步據此建立起培訓課程體系；企業可根據任職資格對員工進行能力評價，從而確定員工能力提升的方面；還可以根據員工績效表現分析其能力短板，也可以根據企業內部的繼任體系、職業生涯發展規劃確定其能力差距；並落實為針對每個員工的個性化的能力提升計劃。
大多數企業卻在實踐中遭遇了上述體系難以落地執行的難題，其主要原因壹方面在於執行成本較高，另壹方面則是直線經理、員工的參與嚴重不到位。
5、直線經理和員工具有更強的自主性和參與意識
德魯克最早提出知識員工的概念，並指出知識員工具有高度的自主意識和自我實現動機，認為增強參與是提升員工滿意度與工作產出的重要方式。在很多知識型企業，無論直線經理，還是壹般員工，都對人力資源管理具有更強的參與要求；反過來，人力資源部也非常關註員工對人力資源管理的滿意度，人力資源部門不再是壹個權力中心而應當首先成為服務中心、資源中心。
6、企業高層決策對人力資源提出更高要求
有壹位高新企業的老總說，e-HR就是我們企業的ERP。這句話非常深刻地表達了知識型企業高管對e-HR的重視程度。知識型企業之間的競爭從根本上來說是人才的競爭，因此企業高管必然重視人力資源問題，在決策中需要人力資源部門提供數據支持，比如人力資源結構、人員流失率、核心員工績效結果、薪酬總額、關鍵崗位薪酬與市場水平的比較等。