數據采集過程需要經過PDA數據加載、普查告知、入戶采集數據、數據上傳和留檔備查等方面的工作。
壹、 PDA數據加載
縣級普查機構將全縣單位底冊和相關鄉鎮普查區電子地圖加載至PDA。
二、普查告知
（壹）國務院經濟普查辦公室通過國家統計聯網直報平臺向聯網直報單位發送第三次全國經濟普查告知書。
（二）地方普查機構通過有效方式，如郵寄、上門或在個體戶比較集中的街道、集貿市場張貼海報等，向非聯網直報單位和個體經營戶發送第三次全國經濟普查告知書，指導和督促其做好相關準備工作。包括準備相關證照、統計臺賬、財務報表等，並按照告知書要求整理相關數據供登記使用。
三、入戶采集數據
（壹）定位
普查員到達調查現場，使用PDA通過GPS進行定位並獲取坐標，核實建築物名稱和詳細地址信息。
（二）入戶調查
進入建築物後，普查員對所有單位進行實地調查。入戶時，須持有縣級經濟普查機構統壹印制的普查員證件，並主動出示證件，自我介紹，說明來意。入戶後，詢問、查看相關證照，判斷其是否屬於本次普查對象，確認單位類型。
對於法人單位或產業活動單位，根據證照上的名稱、代碼等信息，在單位底冊中模糊查找該單位，並分不同情況進行登記：壹是對底冊中的企業壹套表聯網直報調查單位和金融系統、鐵路系統法人單位，用PDA對“三證”進行拍照，核實相關信息，標註核查情況。二是對底冊中的非企業壹套表聯網直報調查單位和金融、鐵路系統的視同法人單位、產業活動單位，利用PDA調出該單位在單位底冊中的信息，采用現場核實、修改和補充的方式采集普查表數據，同時對單位“三證”或證照的復印件、傳真件進行拍照，確保單位真實存在。三是對與單位底冊中相近的單位要進行現場詢問，確定是否為同壹單位，如確認為重復單位要在單位底冊中進行標註。對多產業法人單位除核實法人相關信息外，還要核實本部的相關信息。
對底冊中沒有的單位，則利用PDA新增單位普查表，現場采集普查數據，並對“三證”進行拍照。
對於個體經營戶，則直接使用PDA填報個體經營戶普查表，並對證照拍照留檔。
（三）審核保存
普查員填報完普查表後要執行數據審核並保存，審核不通過的要進行現場修改。對於客觀情況與審核條件矛盾的，則進行強制保存並填寫備註信息。
（四）查遺補漏
縣級經濟普查機構及時根據部門提供的新增單位、統計調查發現的新增單位，以及入戶調查結果與單位底冊差異情況進行查遺補漏。入戶調查後，縣級普查機構要及時將全縣PDA采集的數據導入數據處理系統，將普查數據與單位底冊數據進行比對。對於普查多出和底冊多出的單位應重點核查，確認為同壹個單位的，要在單位底冊中加以標註。對底冊中沒有查找到的全部單位，應進壹步實地核查，查遺補漏結束後，底冊中所有單位都必須標註核查情況。
四、數據上傳
PDA數據利用無線網絡，或在鄉級普查機構通過統計內網報送到指定服務器中。對於單位底冊中標註為企業壹套表聯網直報的調查單位，除接受本次經濟普查的入戶調查外，仍按照規定登錄國家統計聯網直報平臺報送數據。
五、留檔備查
非聯網直報單位按照普查告知書要求事先填寫的相關基礎數據，由有關人員簽字蓋章後，普查員用PDA拍照留存。
三經普數據處理充分依托現有的統計聯網直報系統，實現普查數據處理全面電子化、網絡化、無紙化。現場采集盡可能預裝已有信息，並采用OCR識別等技術，減少普查員錄入量。使整個普查數據采集處理簡便化。