根據上述職責，上海市統計局設14個內設機構。
（壹）辦公室
（二）法規處（統計執法檢查大隊）
（三）統計設計管理處
（四）綜合統計處
（五）國民經濟核算處（服務業統計處）
（六）區縣統計處（農村統計處）
（七）工業交通統計處
（八）能源資源統計處
（九）投資建設統計處
（十）貿易外經統計處
（十壹）人口和就業統計處
（十二）社會和科技統計處
（十三）組織人事處
（十四）財務管理處
按有關規定設置紀檢監察機構和機關黨委。