申請海關AEO高級認證的企業需要嚴格遵循壹系列條件，首先，企業必須組建以法人代表為核心的認證專門團隊，對內部各部門的管理規範和組織結構進行全面審視，確保每個環節都符合海關AEO認證的標準。團隊需深入學習相關法規和標準，持續改進並監督執行，直至達到認證要求。
在具體的文件管理方面，企業需建立完善的進出口單證管理制度，確保紙質和電子報關單證、物流信息檔案的及時、完整、準確和安全保存。這意味著，即便目前許多報關企業缺乏無限期存儲電子單證的系統，申請高級認證的企業必須升級設備，例如引進適合報關業務的國際物流管理系統報關版。
這個系統具備關鍵功能，如自動生成單證PDF電子檔，自動化處理單據錄入，自動解析報關數據，並且特別重要的是，它支持報關單證的無限期存儲，這正是高級認證企業所需的關鍵要素。因此，選擇具備這些功能的系統是成功通過海關AEO高級認證的關鍵步驟。