企業會計信息系統內部控制以信息系統本身為控制對象。信息系統由計算機硬件和軟件、應用系統、數據和相關人員等要素構成。會計信息系統內部控制在信息系統風險分析的基礎上，消除或降低系統風險所帶來的危害。
會計信息系統是壹種比手工會計系統更為高級、更為復雜的數據處理系統，可以達到比人工控制更嚴密、更準確、更規範的效果，提高了會計數據處理的質量和效率，是未來不可避免的發展趨勢。