1、數量不同：四庫包括企業庫、人員庫、項目庫、信用庫，三庫包括企業信息庫、人才信息庫、法規標準信息庫。
2、作用不同：四庫作用是全面實現全國建築市場的信息化監管目標，提高數據采集、核實和管理的效率，加強市場監管與行政審批的聯動，提高市場監管的全面性和有效性。三庫是廣東省建設廳關於建設系統的企業信息庫、人才信息庫、法規標準信息庫和行政服務平臺系統的簡稱。