具體做哪個層面，需要根據妳的實際情況來確定，主要看妳的行業類別、規模以及是否涉及敏感領域。本基礎文件是《建設項目環境影響評價分類管理目錄》。根據妳的問題，妳是涉及敏感區域的加工企業，至少應該是報表。具體可以咨詢環保局。
至於妳說的，所有人都簽字同意了，這不能成為妳不申請環評審批的依據。公眾參與只是環評審批的壹部分。環保局要求妳補辦環評是有依據的。妳沒必要先停產交罰款，做完環評再恢復生產。
註意，不要忽視環保局的意見。現在新環保法已經實施，如果環保局建議妳整改，妳不整改，環保局有權按日累計罰款。