1.地理差異:南沙位於珠江口東北端，比較偏僻，交通不如蛇口方便，發展也比較落後。
2.經濟結構差異:南沙經濟以加工貿易為主，而蛇口是深圳高新技術產業聚集地，發展更為超前。
3.產業配套程度:蛇口產業鏈完整，擁有大量高科技企業和R&D機構，南沙產業鏈有待進壹步完善。
由於以上因素的綜合作用，南沙在某些方面與蛇口不可同日而語。但南沙近年來積極探索創新，推動了經濟和城市發展的步伐。未來南沙也有望成為珠三角地區具有多元化和產品升級優勢的新興城市。