醫院信息系統壹般可分成三部分：壹是滿足管理要求的管理信息系統；二是滿足醫療要求的醫療信息系統；三是滿足以上兩種要求的信息服務系統，各分系統又可劃分為若幹子系統。此外，許多醫院還承擔臨床教學、科研、社會保健、醫療保險等任務，因此在醫院信息系統中也應設置相應的信息系統。