三證合壹只是改變了營業執照號，稅務系統暫時沒有改變。可以認證開具發票，但需要在營業執照號碼變更後30日內到主管稅務機關補齊相關信息，並及時通知相關單位，按照新的稅號開具增值稅發票，並按照稅務機關的要求刻制增值稅發票專用章。詳情請咨詢主管稅務機關。
希望能幫到妳。謝謝妳。